神马文学网生化危机编年史
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总编年史
欧洲中世纪
位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫Los Illuminados的邪教利用寄生虫Las Plagas进行秘密的宗教活动。此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。
1960年
声名显赫的亚希福特家族（The Ashford）第六代家主爱德华·亚希福特（Edward·Ashford）和年轻贵族奥斯威尔·E·斯宾塞（Oswell·E·Spenser）在非洲古迪帕亚遗迹中的菊科植物“太阳阶梯”中发现一种古代病毒，病毒能使生物体基因变异，失去意识，并且拥有极强的生命力和抵抗力。鉴于这种病毒的奇异特征，两人决定研究这种病毒，并命名为“始祖病毒”，始祖病毒母体样本诞生。
1963年
由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司主管的度假别墅为借口，聘请著名建筑师乔治·特列博尔（George·Terybour）在美国西部浣熊市（Raccon City）的阿克雷山区（Arklay Mountain）建造了内部结构复杂，机关重重的洋馆。四年之后（1967年秋）洋馆完工。斯宾塞随即邀请特列博尔一家前往洋馆度假。
1967年
11月10日
特列博尔的妻子杰西卡（Jessica）与女儿丽莎（Lisa）进入洋馆，随即被植入始祖病毒变异株Type-a型与Type-b型。
11月13日
特列博尔亦被挟持到洋馆遭到软禁。11月16日，杰西卡与病毒融合失败遭到废弃处理，而丽莎却与病毒融合，但却失去理智，袭击供应饮食的女研究员，并剥下她的面皮。11月27日，特列博尔从地下密室逃出，开始寻找出路。当他发现洋馆的结构和他当初设计的并不一样而无法逃出时，于11月31日在绝望中死去。
1968年
爱德华·亚希福特，奥斯威尔·E·斯宾塞，詹姆斯·马库斯（James·Marcus）三人成立跨国制药企业Umbrella公司（保护伞公司）。公司表面为财力雄厚，等级森严的制药公司，但在不为人知的背后却进行着病毒的研究和开发。由于找不到稳定病毒的方法，爱德华·亚希福特逐渐忽略打理公司业务，大权逐渐落到斯宾塞手中。
1971年
众多研究员敬仰的同时也是始祖病毒奠基者的爱德华·亚希福特感染病毒去世。其子亚历山大·亚希福特（Alexander·Ashford）早已取得博士学位，成为了亚希福特家族第七代家主。亚历山大与1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人亚希福特家族第一代家主维罗尼卡·亚希福特（Veronica·Ashford）的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德·亚希福特（Alfred·Ashford）和阿莱克西亚·亚希福特（Alexia·Ashford）兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。
此后数年
Umbrella在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行始祖病毒和新型病毒“T”病毒的各种B.O.W（生化兵器）的开发。司董事詹姆斯·马库斯与1976年出任浣熊市Arklay研究所以及新建干部养成所的负责人。
1977年
9月19日
干部养成所。新病毒的研究终于有了成效，在将病毒与水蛭DNA结合后达到了马库斯预期的突破，马库斯将其命名为“T”病毒（取自Tyrant暴君的第一个字母）。为了完善病毒，马库斯决定放弃啮齿类动物作为研究对象，而改用哺乳类动物，必要时就以人为实验对象。11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并猜到是斯宾塞所为。
1978年
2月11日
实验室入口遭到破坏，马库斯求助于他的得意门生威廉·柏金（William·Birkin）和阿尔伯特·威斯克（Albert·Wesker）并且为了夺得主动权而在董事会上公布了“T”病毒。不料斯宾塞早有准备，并指示威廉和威斯克杀掉马库斯。
6月3日
马库斯在研究病毒时被闯进来的特种部队开枪击毙。临死前马库斯看到了威廉和威斯克。马库斯的尸体被冲入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，马库斯在无人知晓的情况下以二十年时间复活。
7月31日
对马库斯事件起到重要作用的两人前往阿克雷研究所担任主要研究员，他们是18岁的全才阿尔伯特·威斯克与16岁的天才威廉·柏金。马库斯死亡后，两人便接手“T”病毒的研究。
1981年
7月27日
年仅10岁的天才少女阿莱克茜亚·亚希福特从大学毕业。阿莱克茜亚被Umbrella分配到南极研究所。由于阿莱克茜亚的存在，导致威廉·柏金几乎疯掉。在过去的3年中“T”病毒的研制基本完成，只有近10％的人能免疫，所有人都满足于此成果时，斯宾塞却命令继续研究，直到开发出能毁灭世界的生物兵器，几乎没人知道斯宾塞的目的。威廉受到巨大冲击，疯狂的使用浣熊市的市民进行试验。
1983年
2月17日
阿莱克茜亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲。3月3日，阿莱克茜亚将始祖病毒与蚁后基因融合，制造出新型“Veronica-Virus”（维罗尼卡病毒），并在阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为实验体植入维罗尼卡病毒。
4月22日
维罗尼卡病毒人体实验失败，亚历山大·亚希福特化为危险的怪物-诺斯拉图。被监禁于南极基地的地下牢房中。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并以冰冻的方式延缓病毒变异造成的智力衰退，由此进入长达十余年的沉睡。阿尔弗雷德回到洛克福德岛（Rockford）出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并出现人格分裂症状，所以有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。
12月31日
从南极研究所传来阿莱克茜亚由于感染病毒而死亡的消息。至此，威廉·柏金的情绪才恢复正常。而威斯克开始考虑斯宾塞的真实想法，并欲脱离Umbrella。
1988年
1月
迈克尔·沃伦（Michael·Warren）出任浣熊市市长，并且与Umbrella建立了紧密联系，半数市民都被Umbrella雇佣。威廉·柏金已经结婚，妻子是同事安奈特·柏金（Annette·Birkin），1986年两人的女儿雪莉·柏金（Sherry·Birkin）此时威廉已经是病毒研究的绝对权威，病毒的研究也进入成熟阶段。按照斯宾塞的构思，带有攻击意识的战斗生命体“Tyrant”（暴君）被制造出来了，他拥有一定的智能，能按照编写好的程序执行命令，生命力，抵抗力，攻击能力都比人类强大。但是绝大多数人在植入病毒后会因为脑细胞与病毒融合时衰竭而几乎没有智力。按照基因解析融合模拟实验显示，一千万人中只有一个人能成为Tyrant。同年成立的法国分公司正在进行最新的“Nemesis”计划，这是一种全新思路的生化兵器。Nemesis是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它寄生在寄生体的大脑，强化智能。所以如果把Nemesis与“T”病毒融合，就能培养出高智能的战斗生物。但是在Nemesis寄生后大多数生物都因为承受不了5分钟的智力支配就会死亡。所以最后还是只有借助第一个实验体丽莎，进入她大脑的Nemesis消失了。
1991年
威廉·柏金向公司提出了最新的“G-Virus”（G病毒），斯宾塞批准开发。丽莎被注射了始祖病毒，以至后来所有的病毒在她身体里都能融合并不断变异，甚至吸收了Nemesis。威廉正是从丽莎身体中提取出了“G”病毒。“G”的特性是使基因变异，导致宿主的身体结构和细胞结构全部发生改变。而威斯克早已不再关心病毒，他争取到前往浣熊市警局当卧底的机会，暂时脱离了Umbrella。
1992年
在Umbrella的经济援助下，浣熊市开始大幅度重建和更新，发展迅速。威廉的新研究所就建在了浣熊市的地下。
1995年
7月31日，威斯克和威廉再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是最高级病毒研究所，而“T”病毒就是在这里开发出来的。由于丽莎在吸收了Nemesis后又开始撕其他女性的面皮，威斯克和威廉为了不使机密泄露而决定销毁丽莎。经过3天的生命停止反映后，丽莎被运到森林里的小木屋里，那里也放着丽莎的母亲杰西卡的棺材。
1996年
一度面临解散的特殊战术及救援特勤部队S.T.A.R.S(Special Tactics And Rescue Servico)在浣熊市重组，由阿尔伯特·威斯克担任队长。
1998年
5月初
在1978年死于Umbrella内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“T”病毒双重影响下重生，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，并发誓报复Umbrella。
5月11日
在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰（John）死亡。
5月14日
浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。5月20日，阿克雷山区发生第一例生化怪物攻击人类事件。
5月21日
Umbrella研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。
5月27日
目击大型犬型怪物的消息越来越频繁。
6月初
运往废弃物处理工厂的尸体急剧暴增，无法正常处理。
6月16日
大量生化怪物出没于阿克雷山区。7月9日，警方封锁部分森林，并考虑派遣S.T.A.R.S进入山区。
7月中旬
实验体处理工厂已无法处理大量感染者尸体，工人们暴露在病毒下工作，并有不少员工出现轻微感染症状。Umbrella认为浣熊地区病毒泄漏事件已无法控制，决定严守秘密，并防止S.T.A.R.S和州警介入。
7月22日
美国海军特种部队少尉比利·科恩（Billy·Coen）因被指控1年前在非洲执行任务时枪杀23人而被判处死刑，经由阿克雷山区押送至雷克森基地（Lexson）执行死刑。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遇袭，押送人员全部死亡，比利下落不明。为避免机密外泄，Umbrella隐藏了情报，同时为了测试各种B.O.W的能力，通过阿尔伯特·威斯克的安排，S.T.A.R.S进入了阿克雷山区。
1998年
7月23日
20时
马库斯博士指挥大批水蛭袭击了Umbrella的客车，车内乘客全部死亡。
22时
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S的Bravo小队乘坐直升机前往阿克雷山区调查情况，出发后不久受到不明武器袭击坠毁，和浣熊市警局失去联系。在树林中，Bravo小队新成员瑞贝卡·查姆伯斯（Rebecca·Chambers）发现了一辆严重损毁的宪兵车，比利·科恩下落不明。队长恩里克下令就地搜索幸存者。搜查中，瑞贝卡发现了Umbrella的客车，前往调查时瑞贝卡遇到比利·科恩。鉴于情况危险，比利提出合作，瑞贝卡勉强答应。阿尔伯特·威斯克和威廉·柏金早干部培训所指挥Delta小队将列车开走并撞毁它。瑞贝卡和比利及时从列车中逃出。马库斯博士通过监视器告诉威斯克和威廉他之所以复活就是为了要报复Umbrella的所有人，包括他们两人。威斯克和威廉意识到Umbrella大势已去，两人便商量脱离Umbrella。威廉为了强化“G”病毒离开了干部培训所，而威斯克则按原计划将S.T.A.R.S引进洋馆。瑞贝卡和比利在干部养成所里遭遇重重危险，但都一一解除。期间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不像传说中那样残暴。两人分头行动，瑞贝卡消灭了一具暴君试作型，并和比利来到一个布满水蛭的大房间，等待他们的正是马库斯。两人经过配合，终于消灭了马库斯，炸毁了干部培训所。瑞贝卡承诺不会在报告中提到比利，比利非常感激，在山崖上告别后，瑞贝卡按照指示前往洋馆。Bravo小队成员爱德华·杜威（Adward·Dewey）已确认死亡，其余成员全数进入洋馆。
7月24日凌晨
威斯克以支援Bravo小队为由，带领Alpha小队进入阿克雷山区。当Alpha小队降落并展开搜索后，队员约瑟夫·弗罗斯特（Joseph·Frost）遭到变异丧尸狗的攻击不幸殉职，其余成员退往洋馆。之后威斯克射杀了了解到真相的Bravo小队队长恩里克，并以巴里·波顿（Barry·Burton）的妻女要挟巴里。克里斯·雷德菲尔德（Chris·Redfield）在洋馆中找到身受重伤的Bravo小队成员理查德·艾肯（Richard·Alken），理查德为救克里斯被变异大蛇吃掉，克里斯中毒，被赶来的Bravo小队成员瑞贝卡所救。吉尔·瓦伦汀（Jill·Valentine）来到森林中的小屋，遇到了女性实验体丽莎，同时发现了鬼鬼祟祟的巴里。吉尔正疑惑巴里的所作所为时，丽莎苏醒并攻击两人。吉尔相信了巴里并合力对付丽莎。当丽莎母亲的棺材被打开后丽莎悲鸣着跳入山崖。当吉尔和巴里经过深入调查来到洋馆深处的秘密实验室时看到了威斯克正操纵着电脑。巴里突然用枪指着吉尔，威斯克冷笑着告诉吉尔巴里妻女的性命都在他手上。吉尔才明白威斯克是Umbrella的人。正当威斯克要解决掉吉尔时巴里的正义感促使他救下吉尔。威斯克冷笑着打开了身后巨大的容器。容器中淡绿色的液体渐渐褪去，露出了一个身高3米的人型怪物。这就是Umbrella研制的高级战斗生命体“Tyrant”（暴君）完成型。皮肤灰白，肌肉强硕，身形巨大，锋利的巨爪一挥便打碎了硬度极高的强化玻璃。威斯克此时已服用了威廉给他的药物，只要让暴君杀死他他就会进入假死状态并给Umbrella以死亡的假象。当暴君逼近他时他毫无畏惧，几乎是及其兴奋的面对着即将到来的死亡。暴君一爪捅进他的身体，剧痛之下威斯克不禁倒在地上。然而吉尔，巴里和赶来会合的克里斯拼尽全力击倒了暴君。
7月25日凌晨
在洋馆中历经了地狱般的24小时的吉尔，克里斯，巴里来到天台上等待救援直升机的到来。就在此时暴君却拼死追了过来，并且变得异常狂暴，3人都受了伤。赶来救援的S.T.A.R.S成员布拉德·维克斯（Brad·Vickers）将S.T.A.R.S允许携带的最强武器火箭筒扔给克里斯，克里斯用它彻底消灭了暴君并启动了洋馆的自爆装置后会合瑞贝卡乘坐布拉德驾驶的直升机逃离洋馆。
1998年
9月29日
以最优异的成绩从警校毕业的年轻警官里昂·斯科特·肯尼迪（Leon·Scott·Kennedy）来到浣熊市上任；克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德（Clare·Redfield）为了寻找哥哥的下落也来到了浣熊市。然而迎接两人的却是无数疯狂嗜血的丧尸。两人相遇后共同寻找逃出浣熊市的出路。在警署克莱尔发现了克里斯的日记，了解到哥哥为了不让她担心已瞒着她独自前往欧洲调查Umbrella的情况。在警局二楼克莱尔发现了一个被丧尸追赶的小女孩，克莱尔便去救援。里昂在一个停车场里遇见了华裔女子艾达·王（Ada·Wong）。两人逃离了一段时间后发现一个金发女子，女子转身就逃，两人去追，不料金发女子却开枪射击两人，里昂为救艾达受了伤。艾达继续追击，在一个小屋里艾达未注意时被金发女子把枪打掉。女子告诉艾达她是威廉·柏金的妻子，安奈特·柏金。她向艾达讲述了威廉的研究成果被Umbrella的人夺走而注射病毒变成怪物的经过，她发誓要为丈夫报仇。艾达在这时暴起发难，将安奈特推下了楼梯。另一边克莱尔在警局密室里发现了警察局局长艾隆斯。在艾隆斯的艺术收藏品室发现了小女孩，威廉的女儿雪莉。雪莉告诉克莱尔有个比丧尸更可怕的怪物正在前来的路上。然而她并不知道那个怪物正是她的父亲：威廉。威廉注射了“G”病毒后失去理智，成为了怪物。威廉不断追赶血亲女儿雪莉。克莱尔带着雪莉回到密室，发现艾隆斯已经离去。此时，在地下室里，威廉将一团从自己身上分泌的病毒块塞进了艾隆斯的嘴里。克莱尔发现后想要除掉威廉，然而艾隆斯却用枪威胁克莱尔不准靠近。刚才被塞进艾隆斯嘴里的怪物快速成长，并从艾隆斯的身体里冲了出来。克莱尔奋力消灭了那个生物后带着雪莉逃跑。雪莉失足掉进下水道。威廉找到雪莉并给雪莉感染了“G”病毒后离去。在隧道里克莱尔找到了雪莉，就在此时威廉再度出现并疯狂袭击克莱尔，克莱尔拼死击退威廉。另一方面，里昂和艾达两人同样遭到威廉的袭击，艾达受伤，里昂苦战击退威廉。里昂为救艾达去寻找出路和解药。却又遇见受了伤的安奈特，安奈特以为里昂也是Umbrella的间谍，她告诉里昂艾达其实她也是Umbrella的间谍。安奈特正要动手杀里昂时屋子一阵剧烈的震动，安奈特被掉落的铁管击中昏迷。里昂从她身上拿到“G”病毒。这时艾达出现，向里昂讨要“G”病毒。里昂才痛苦的发现艾达真的是Umbrella的间谍。两人相持一会儿后艾达屈服了。就在他们准备搭乘逃生列车逃离时，Umbrella空投在浣熊市内的“Tyrant-002”（暴君改-002型）出现。艾达为救里昂被暴君杀死。翻身掉下铁桥。研究所自爆装置被暴君击中开始倒数。里昂狂怒之下奋力消灭了暴君。伤心之际里昂将“G”病毒扔下铁桥。不久后，掉落在下水道内的“G”病毒被Umbrella特种部队成员汉克（Hunk，第四幸存者）找到并回收。过了几小时，安奈特再遇克莱尔，并企图使用研制成功的病毒疫苗使早已变成怪物的威廉变回人。但是失去人性的威廉残忍杀害了安奈特。克莱尔从安奈特身上得到了疫苗合成方法，于是决定为雪莉配一剂。撤退途中，威廉再度袭击他们。威廉从G1进化到G5，最终还是被克莱尔击倒。里昂，克莱尔，雪莉三人搭乘火车逃出了浣熊市。另一边，吉尔苦于逃脱追踪者（Tyrant-203型）的追杀。途中，S.T.A.R.S成员布拉德·维克斯被追踪者所杀。吉尔在逃亡途中遇到了Umbrella生化危机特别应变部队成员（U.B.C.S）卡洛斯·奥利维拉（Carlos·Oliveira）、队长米克鲁（Michael·Victor）、烈哥拉（Nicolaiginovaef）。众人开动电车逃走，追踪者再度迫近，米克鲁为救卡洛斯和吉尔，用手榴弹和追踪者同归于尽。电车出故障，在钟楼停下。追踪者尾随而至，吉尔受重伤，并感染了病毒。卡洛斯拼死击倒追踪者。卡洛斯为救吉尔，前往医院取药，却发现烈哥拉实际是Umbrella的监视员，负责收集各种B.O.W的数据。卡洛斯和吉尔了解到明天早上将有一枚核弹将摧毁整个浣熊市。在废物处理工厂追踪者被硫酸腐蚀后被处理掉。然而，在实验体销毁工厂追踪者变异成为巨大的爬行生物，并且执着的袭击着吉尔，吉尔用威力强大的电磁炮轰碎了追踪者。最终卡洛斯和吉尔搭乘直升机逃离了浣熊市。
10月1日
美国政府为了杜绝后患，于十月一日晨投放了一枚核弹进行灭菌作战。整个浣熊市及周边区域被夷为平地，10万人在此次生化危机事件中死亡，史称浣熊地区生化危机事件。艾达·王被投靠至谜之组织“H.C.F”的前S.T.A.R.S队长阿尔伯特·威斯克的救助下复活。威斯克从威廉的尸体上回收了“G”病毒，并和艾达一起在灭菌作战前逃离浣熊市。
10月9日
席那岛刑务所的囚犯计划集体越狱。
10月10日
囚犯们企图夺枪越狱。席那岛司令宾赛德下令将逃犯全数枪杀。
10月11日
宾赛德将席那岛囚犯越狱事件以集体自杀的方式向Umbrella高层汇报。
10月中旬
美国中央情报局（CIA）和里昂·斯科特·肯尼迪取得联系，以雪莉和里昂的性命做要挟，迫使里昂接受了CIA赋予的秘密任务。
11月22日
宾赛德将T病毒散播到席那岛街道上，并伪装成病毒泄露的意外。
11月25日
受好友里昂委托潜入席那岛的亚克（Yark）拼死消灭了杀死了宾赛德的超级暴君（S-Tyrant），并连同幸存者洛特·克莱（Lott·Klein）和莉莉·克莱(Lily·Klein)逃离席那岛。席那岛因为宾赛德启动的自爆装置而爆炸，并沉入海底。
12月12日
为了寻找克里斯而侵入Umbrella巴黎分公司的克莱尔被逮捕并送往位于南太平洋的洛克福德岛军事训练所遭到监禁。
12月27日
谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚·亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，便命令阿尔伯特·威斯克率领特殊部队前往夺取。威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫（Steve）相遇。在大厅里，阿尔弗雷德·亚希福特伪装成阿莱克茜亚的样子袭击克莱尔。后来，斯蒂夫为救克莱尔忍痛射杀了变成丧尸的父亲。在阿尔弗雷德的寝室，克莱尔再一次被阿尔弗雷德袭击，斯蒂夫帮克莱尔解了围。阿尔弗雷德气急败坏，启动了自爆装置，并将汉克早先运送来的暴君释放，命令它杀掉克莱尔。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。暴君随即出现，克莱尔与斯蒂夫合力将暴君打下飞机。来到南极基地后斯蒂夫射伤了阿尔弗雷德。垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。威斯克痛恨克里斯等人，疯狂的攻击克里斯。但了解到阿莱克茜亚在南极基地后丢下克里斯前往南极基地。克里斯尾随而至，救了克莱尔。克莱尔随后前往寻找斯蒂夫，却发现斯蒂夫被阿莱克茜亚注射了维罗尼卡病毒，变异成为怪物。疯狂的攻击克莱尔之后，因为对克莱尔的爱，斯蒂夫强行恢复理智，变回人类，死在了克莱尔怀里。威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，并变身为巨大的蚁后般的怪物。克里斯消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。
2002年
和里昂一起接受特工训练的战友杰克·克劳撒（Jack·Krauser）在一次直升机事故中遇害身亡。实际上他借此机会投靠了阿尔伯特·威斯克。此时，世界三大巨头的公司合并，由迷之组织引导，成为三联公司。它涉及到生物医药、矿产开发、工业兵器生产三个领域。阿尔伯特·威斯克加入三联公司。
2004年
萨德勒的研究员路易斯·赛纳（Luis·Sera）发现了教主的野心并且意识到自己的力量不足，于是向曾经的同学约翰求救。收到求救信息的却是艾达。克劳撒为了取得萨德勒的信任而绑架了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此后，完成了特工训练已经成为总统私人保镖的里昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援总统千金。威斯克为了取得寄生虫样本，派遣艾达前来协助克劳撒。里昂在村庄里受到暴民的围攻，艰苦脱险后击倒村长进入城堡。里昂重遇艾达，两人却形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·萨拉查送往遥远孤岛上的军事基地，里昂则与城主开战，里昂击倒城主，与艾达一同前往孤岛。里昂遇到了两年前在事故中丧生的杰克·克劳撒，并与之一战，最终打倒了克劳撒。救下被教主萨德勒抓住的艾达后里昂与艾达协力击倒了萨德勒，艾达回收了寄生虫样本后启动了自爆装置，里昂与阿什莉乘坐救生艇逃脱，孤岛沉入海中。而路易斯为了帮助里昂被萨德勒杀死。艾达吧寄生虫样本交给了阿尔伯特·威斯克。此时威斯克已经成为三联公司的首席。此后数年，三联公司继Umbrella继续开发T病毒和G病毒，并将Las Plagas用病毒该良，使其拥有更高的攻击能力，可以在青年人身上寄体，使寄主失去理智，但拥有更高的智能和攻击意识。
2005年
美国政府事后迫于舆论压力冻结了Umbrella的资产，Umbrella的股票也一蹶不振，最终破产。同年，浣熊地区生化危机事件幸存者之一克莱尔·雷德菲尔德在哈弗维尔的机场等人，不料警察在人群中发现了一名丧尸，随后警察也被感染，机场一片混乱。接着，一架飞机紧急着陆，撞毁了机场大厅，从飞机上下来的全是丧尸。而今晨美国参议院的一名参议员正好在这个机场准备离开，同样被困。于是白宫派遣7年前生化危机事故的幸存者，同时也是总统直属特工的里昂·斯科特·肯尼迪前往协助特种部队应对危机。策划这起事件的是7年前亲人在浣熊市被害的柯提斯·米勒（Curtis·Miller），他得到了“G”病毒。他的要求是美国政府公开7年前事故的真相。在注射了“G”病毒之后，柯提斯疯狂攻击里昂和自己的妹妹，在特种部队服役的安吉拉·米勒（Angela·Miller）。最终里昂和安吉拉协力击败柯提斯，与克莱尔一起逃出并且炸毁了大楼。三联公司矿业分
2008年
克里斯·雷德菲尔德加入了美国政府成立的生化恐怖主义安全评估联盟（BSAA），并且被派往西非调查当地疑似种族冲突的事件。 克里斯来到西非无名小镇，此地在三国交界的活火山上。他遇见谢娃·阿洛玛（Sheva·Alomar）。一开始当地的居民均是十分健康，但随着火山的爆发，居民渐渐成为类似于丧尸的怪物。而这些人们变成怪物的原因居然是被Las Plagas II（Las Plagas二代）寄体，克里斯和谢娃陷入苦战。他们经过矿区，在一个两层楼高的休息室遇见黑军火商埃尔文，就在克里斯准备询问埃尔文时，埃尔文被一个戴面具的黑衣女子（Jill）带走。克里斯和谢娃经过原始部落，到达三联公司的矿场码头，再次遇见埃尔文。经过一番水上追逐后，克里斯和谢娃登上埃尔文的游艇。埃尔文在无奈中注射了Las Plagas与河马基因合成体的虫卵，进化成了巨型BOSS。虽然怪物的外壳十分坚固，但在克里斯和谢娃的努力下杀死了埃尔文。随后，游艇开到了一个山洞里。克里斯和谢娃没想到，Umbrella竟然在这地下深处建造了巨型实验基地。克里斯在实验转盘上找到了吉尔的实验罐，但吉尔不在里面。在Umbrella的地下花坛中克里斯竟发现了Umbrella的红白伞标记。后来阿尔伯特·威斯克和吉尔竟同时出现攻击克里斯。原来数月前的一次任务吉尔为救克里斯和威斯克一同飞下山崖，没想到威斯克竟然控制了吉尔。经过一番恶战，克里斯最终将吉尔身上的控制器拔除，并且和谢娃一同与威斯克开战。威斯克被正面击中，克里斯趁机把抑制威斯克力量的药剂注射进威斯克的身体，威斯克顿时失去了大部分力量，转身跳进飞机准备撤退。克里斯和谢娃紧随其后追进飞机。在飞机里，威斯克再次挑战两人。克里斯将飞机大门打开，威斯克和谢娃均被强大的气流卷住，威克斯和谢娃即将飞出去，克里斯奋不顾身的冲上前抓住谢娃，但威克斯又抓住了谢娃的腿，克里斯一枪将威克斯打下飞机。最终飞机撞毁在一处火山旁。威斯克愤怒的打开生化罐，疯狂地攻击两人。最终克里斯和谢娃凭借极其默契的配合将威斯克打到熔岩里，并乘坐吉尔叫来的直升机一起逃离火山。就在即将离开时，威斯克垂死挣扎的用触须缠住飞机，克里斯和谢娃一人拿起一把火箭筒，对准威斯克轰了过去，威斯克被埋在了熔岩之下，克里斯，谢娃和吉尔逃离当地。
欧洲中世纪
位于西班牙某地的萨拉萨尔家族城堡附近，一个名叫Los Illuminados的邪教利用寄生虫Las Plagas进行秘密的宗教活动。此后萨拉萨尔家族第一代城主攫取了邪教的统治权并将寄生虫全部深埋在城堡附近的地底。
1960年
声名显赫的亚希福特家族（The Ashford）第六代家主爱德华·亚希福特（Edward·Ashford）和年轻贵族奥斯威尔·E·斯宾塞（Oswell·E·Spenser）在非洲古迪帕亚遗迹中的菊科植物“太阳阶梯”中发现一种古代病毒，病毒能使生物体基因变异，失去意识，并且拥有极强的生命力和抵抗力。鉴于这种病毒的奇异特征，两人决定研究这种病毒，并命名为“始祖病毒”，始祖病毒母体样本诞生。
1963年
由于研究病毒的需要，斯宾塞以未来公司主管的度假别墅为借口，聘请著名建筑师乔治·特列博尔（George·Terybour）在美国西部浣熊市（Raccon City）的阿克雷山区（Arklay Mountain）建造了内部结构复杂，机关重重的洋馆。四年之后（1967年秋）洋馆完工。斯宾塞随即邀请特列博尔一家前往洋馆度假。
1967年
11月10日
特列博尔的妻子杰西卡（Jessica）与女儿丽莎（Lisa）进入洋馆，随即被植入始祖病毒变异株Type-a型与Type-b型。
11月13日
特列博尔亦被挟持到洋馆遭到软禁。11月16日，杰西卡与病毒融合失败遭到废弃处理，而丽莎却与病毒融合，但却失去理智，袭击供应饮食的女研究员，并剥下她的面皮。11月27日，特列博尔从地下密室逃出，开始寻找出路。当他发现洋馆的结构和他当初设计的并不一样而无法逃出时，于11月31日在绝望中死去。
1968年
爱德华·亚希福特，奥斯威尔·E·斯宾塞，詹姆斯·马库斯（James·Marcus）三人成立跨国制药企业Umbrella公司（保护伞公司）。公司表面为财力雄厚，等级森严的制药公司，但在不为人知的背后却进行着病毒的研究和开发。由于找不到稳定病毒的方法，爱德华·亚希福特逐渐忽略打理公司业务，大权逐渐落到斯宾塞手中。
1971年
众多研究员敬仰的同时也是始祖病毒奠基者的爱德华·亚希福特感染病毒去世。其子亚历山大·亚希福特（Alexander·Ashford）早已取得博士学位，成为了亚希福特家族第七代家主。亚历山大与1970年建造了南极研究所，主要研究基因遗传。然而研究却接连宣告失败，绝望之际他提取了家族创始人亚希福特家族第一代家主维罗尼卡·亚希福特（Veronica·Ashford）的基因，通过人工授精的方式制造出阿尔弗雷德·亚希福特（Alfred·Ashford）和阿莱克西亚·亚希福特（Alexia·Ashford）兄妹，寄希望与培养出智力超群的后代。
此后数年
Umbrella在世界各地陆续开始建造秘密研究所，进行始祖病毒和新型病毒“T”病毒的各种B.O.W（生化兵器）的开发。司董事詹姆斯·马库斯与1976年出任浣熊市Arklay研究所以及新建干部养成所的负责人。
1977年
9月19日
干部养成所。新病毒的研究终于有了成效，在将病毒与水蛭DNA结合后达到了马库斯预期的突破，马库斯将其命名为“T”病毒（取自Tyrant暴君的第一个字母）。为了完善病毒，马库斯决定放弃啮齿类动物作为研究对象，而改用哺乳类动物，必要时就以人为实验对象。11月15日，马库斯发现有人暗中调查他的研究，并猜到是斯宾塞所为。
1978年
2月11日
实验室入口遭到破坏，马库斯求助于他的得意门生威廉·柏金（William·Birkin）和阿尔伯特·威斯克（Albert·Wesker）并且为了夺得主动权而在董事会上公布了“T”病毒。不料斯宾塞早有准备，并指示威廉和威斯克杀掉马库斯。
6月3日
马库斯在研究病毒时被闯进来的特种部队开枪击毙。临死前马库斯看到了威廉和威斯克。马库斯的尸体被冲入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，马库斯在无人知晓的情况下以二十年时间复活。
7月31日
对马库斯事件起到重要作用的两人前往阿克雷研究所担任主要研究员，他们是18岁的全才阿尔伯特·威斯克与16岁的天才威廉·柏金。马库斯死亡后，两人便接手“T”病毒的研究。
1981年
7月27日
年仅10岁的天才少女阿莱克茜亚·亚希福特从大学毕业。阿莱克茜亚被Umbrella分配到南极研究所。由于阿莱克茜亚的存在，导致威廉·柏金几乎疯掉。在过去的3年中“T”病毒的研制基本完成，只有近10％的人能免疫，所有人都满足于此成果时，斯宾塞却命令继续研究，直到开发出能毁灭世界的生物兵器，几乎没人知道斯宾塞的目的。威廉受到巨大冲击，疯狂的使用浣熊市的市民进行试验。
1983年
2月17日
阿莱克茜亚的哥哥阿尔弗雷德在南极研究所的密室中了解到自己与妹妹的身世，开始憎恨父亲。3月3日，阿莱克茜亚将始祖病毒与蚁后基因融合，制造出新型“Veronica-Virus”（维罗尼卡病毒），并在阿尔弗雷德帮助下以自己的父亲亚历山大为实验体植入维罗尼卡病毒。
4月22日
维罗尼卡病毒人体实验失败，亚历山大·亚希福特化为危险的怪物-诺斯拉图。被监禁于南极基地的地下牢房中。为了彻底完善维罗尼卡病毒，阿莱克茜亚将维罗尼卡病毒植入自己体内，并以冰冻的方式延缓病毒变异造成的智力衰退，由此进入长达十余年的沉睡。阿尔弗雷德回到洛克福德岛（Rockford）出任军事训练司令。不久他出现恋妹情节并出现人格分裂症状，所以有关维罗尼卡病毒的研究全部终止。
12月31日
从南极研究所传来阿莱克茜亚由于感染病毒而死亡的消息。至此，威廉·柏金的情绪才恢复正常。而威斯克开始考虑斯宾塞的真实想法，并欲脱离Umbrella。
1988年
1月
迈克尔·沃伦（Michael·Warren）出任浣熊市市长，并且与Umbrella建立了紧密联系，半数市民都被Umbrella雇佣。威廉·柏金已经结婚，妻子是同事安奈特·柏金（Annette·Birkin），1986年两人的女儿雪莉·柏金（Sherry·Birkin）此时威廉已经是病毒研究的绝对权威，病毒的研究也进入成熟阶段。按照斯宾塞的构思，带有攻击意识的战斗生命体“Tyrant”（暴君）被制造出来了，他拥有一定的智能，能按照编写好的程序执行命令，生命力，抵抗力，攻击能力都比人类强大。但是绝大多数人在植入病毒后会因为脑细胞与病毒融合时衰竭而几乎没有智力。按照基因解析融合模拟实验显示，一千万人中只有一个人能成为Tyrant。同年成立的法国分公司正在进行最新的“Nemesis”计划，这是一种全新思路的生化兵器。Nemesis是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它寄生在寄生体的大脑，强化智能。所以如果把Nemesis与“T”病毒融合，就能培养出高智能的战斗生物。但是在Nemesis寄生后大多数生物都因为承受不了5分钟的智力支配就会死亡。所以最后还是只有借助第一个实验体丽莎，进入她大脑的Nemesis消失了。
1991年
威廉·柏金向公司提出了最新的“G-Virus”（G病毒），斯宾塞批准开发。丽莎被注射了始祖病毒，以至后来所有的病毒在她身体里都能融合并不断变异，甚至吸收了Nemesis。威廉正是从丽莎身体中提取出了“G”病毒。“G”的特性是使基因变异，导致宿主的身体结构和细胞结构全部发生改变。而威斯克早已不再关心病毒，他争取到前往浣熊市警局当卧底的机会，暂时脱离了Umbrella。
1992年
在Umbrella的经济援助下，浣熊市开始大幅度重建和更新，发展迅速。威廉的新研究所就建在了浣熊市的地下。
1995年
7月31日，威斯克和威廉再次来到伴随他们成长的阿克雷研究所。这里曾是最高级病毒研究所，而“T”病毒就是在这里开发出来的。由于丽莎在吸收了Nemesis后又开始撕其他女性的面皮，威斯克和威廉为了不使机密泄露而决定销毁丽莎。经过3天的生命停止反映后，丽莎被运到森林里的小木屋里，那里也放着丽莎的母亲杰西卡的棺材。
1996年
一度面临解散的特殊战术及救援特勤部队S.T.A.R.S(Special Tactics And Rescue Servico)在浣熊市重组，由阿尔伯特·威斯克担任队长。
1998年
5月初
在1978年死于Umbrella内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“T”病毒双重影响下重生，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，并发誓报复Umbrella。
5月11日
在马库斯的破坏下阿克雷研究所，干部养成所，地下研究所等地相继发生病毒泄漏事故，工作人员和实验生物相继被感染。阿克雷研究所新主任约翰（John）死亡。
5月14日
浣熊市废弃物处理工厂系统完成。该系统利用特殊瓦斯，化学溶剂与焚化炉来分解各种生化兵器的细胞并销毁处理。5月20日，阿克雷山区发生第一例生化怪物攻击人类事件。
5月21日
Umbrella研究员发表最新医学论文，提及在阿克雷山区发现的三种同种异形草药，分别命名为“绿色草药，红色草药，蓝色草药”。
5月27日
目击大型犬型怪物的消息越来越频繁。
6月初
运往废弃物处理工厂的尸体急剧暴增，无法正常处理。
6月16日
大量生化怪物出没于阿克雷山区。7月9日，警方封锁部分森林，并考虑派遣S.T.A.R.S进入山区。
7月中旬
实验体处理工厂已无法处理大量感染者尸体，工人们暴露在病毒下工作，并有不少员工出现轻微感染症状。Umbrella认为浣熊地区病毒泄漏事件已无法控制，决定严守秘密，并防止S.T.A.R.S和州警介入。
7月22日
美国海军特种部队少尉比利·科恩（Billy·Coen）因被指控1年前在非洲执行任务时枪杀23人而被判处死刑，经由阿克雷山区押送至雷克森基地（Lexson）执行死刑。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遇袭，押送人员全部死亡，比利下落不明。为避免机密外泄，Umbrella隐藏了情报，同时为了测试各种B.O.W的能力，通过阿尔伯特·威斯克的安排，S.T.A.R.S进入了阿克雷山区。
1998年
7月23日
20时
马库斯博士指挥大批水蛭袭击了Umbrella的客车，车内乘客全部死亡。
22时
浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S的Bravo小队乘坐直升机前往阿克雷山区调查情况，出发后不久受到不明武器袭击坠毁，和浣熊市警局失去联系。在树林中，Bravo小队新成员瑞贝卡·查姆伯斯（Rebecca·Chambers）发现了一辆严重损毁的宪兵车，比利·科恩下落不明。队长恩里克下令就地搜索幸存者。搜查中，瑞贝卡发现了Umbrella的客车，前往调查时瑞贝卡遇到比利·科恩。鉴于情况危险，比利提出合作，瑞贝卡勉强答应。阿尔伯特·威斯克和威廉·柏金早干部培训所指挥Delta小队将列车开走并撞毁它。瑞贝卡和比利及时从列车中逃出。马库斯博士通过监视器告诉威斯克和威廉他之所以复活就是为了要报复Umbrella的所有人，包括他们两人。威斯克和威廉意识到Umbrella大势已去，两人便商量脱离Umbrella。威廉为了强化“G”病毒离开了干部培训所，而威斯克则按原计划将S.T.A.R.S引进洋馆。瑞贝卡和比利在干部养成所里遭遇重重危险，但都一一解除。期间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不像传说中那样残暴。两人分头行动，瑞贝卡消灭了一具暴君试作型，并和比利来到一个布满水蛭的大房间，等待他们的正是马库斯。两人经过配合，终于消灭了马库斯，炸毁了干部培训所。瑞贝卡承诺不会在报告中提到比利，比利非常感激，在山崖上告别后，瑞贝卡按照指示前往洋馆。Bravo小队成员爱德华·杜威（Adward·Dewey）已确认死亡，其余成员全数进入洋馆。
7月24日凌晨
威斯克以支援Bravo小队为由，带领Alpha小队进入阿克雷山区。当Alpha小队降落并展开搜索后，队员约瑟夫·弗罗斯特（Joseph·Frost）遭到变异丧尸狗的攻击不幸殉职，其余成员退往洋馆。之后威斯克射杀了了解到真相的Bravo小队队长恩里克，并以巴里·波顿（Barry·Burton）的妻女要挟巴里。克里斯·雷德菲尔德（Chris·Redfield）在洋馆中找到身受重伤的Bravo小队成员理查德·艾肯（Richard·Alken），理查德为救克里斯被变异大蛇吃掉，克里斯中毒，被赶来的Bravo小队成员瑞贝卡所救。吉尔·瓦伦汀（Jill·Valentine）来到森林中的小屋，遇到了女性实验体丽莎，同时发现了鬼鬼祟祟的巴里。吉尔正疑惑巴里的所作所为时，丽莎苏醒并攻击两人。吉尔相信了巴里并合力对付丽莎。当丽莎母亲的棺材被打开后丽莎悲鸣着跳入山崖。当吉尔和巴里经过深入调查来到洋馆深处的秘密实验室时看到了威斯克正操纵着电脑。巴里突然用枪指着吉尔，威斯克冷笑着告诉吉尔巴里妻女的性命都在他手上。吉尔才明白威斯克是Umbrella的人。正当威斯克要解决掉吉尔时巴里的正义感促使他救下吉尔。威斯克冷笑着打开了身后巨大的容器。容器中淡绿色的液体渐渐褪去，露出了一个身高3米的人型怪物。这就是Umbrella研制的高级战斗生命体“Tyrant”（暴君）完成型。皮肤灰白，肌肉强硕，身形巨大，锋利的巨爪一挥便打碎了硬度极高的强化玻璃。威斯克此时已服用了威廉给他的药物，只要让暴君杀死他他就会进入假死状态并给Umbrella以死亡的假象。当暴君逼近他时他毫无畏惧，几乎是及其兴奋的面对着即将到来的死亡。暴君一爪捅进他的身体，剧痛之下威斯克不禁倒在地上。然而吉尔，巴里和赶来会合的克里斯拼尽全力击倒了暴君。
7月25日凌晨
在洋馆中历经了地狱般的24小时的吉尔，克里斯，巴里来到天台上等待救援直升机的到来。就在此时暴君却拼死追了过来，并且变得异常狂暴，3人都受了伤。赶来救援的S.T.A.R.S成员布拉德·维克斯（Brad·Vickers）将S.T.A.R.S允许携带的最强武器火箭筒扔给克里斯，克里斯用它彻底消灭了暴君并启动了洋馆的自爆装置后会合瑞贝卡乘坐布拉德驾驶的直升机逃离洋馆。
1998年
9月29日
以最优异的成绩从警校毕业的年轻警官里昂·斯科特·肯尼迪（Leon·Scott·Kennedy）来到浣熊市上任；克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德（Clare·Redfield）为了寻找哥哥的下落也来到了浣熊市。然而迎接两人的却是无数疯狂嗜血的丧尸。两人相遇后共同寻找逃出浣熊市的出路。在警署克莱尔发现了克里斯的日记，了解到哥哥为了不让她担心已瞒着她独自前往欧洲调查Umbrella的情况。在警局二楼克莱尔发现了一个被丧尸追赶的小女孩，克莱尔便去救援。里昂在一个停车场里遇见了华裔女子艾达·王（Ada·Wong）。两人逃离了一段时间后发现一个金发女子，女子转身就逃，两人去追，不料金发女子却开枪射击两人，里昂为救艾达受了伤。艾达继续追击，在一个小屋里艾达未注意时被金发女子把枪打掉。女子告诉艾达她是威廉·柏金的妻子，安奈特·柏金。她向艾达讲述了威廉的研究成果被Umbrella的人夺走而注射病毒变成怪物的经过，她发誓要为丈夫报仇。艾达在这时暴起发难，将安奈特推下了楼梯。另一边克莱尔在警局密室里发现了警察局局长艾隆斯。在艾隆斯的艺术收藏品室发现了小女孩，威廉的女儿雪莉。雪莉告诉克莱尔有个比丧尸更可怕的怪物正在前来的路上。然而她并不知道那个怪物正是她的父亲：威廉。威廉注射了“G”病毒后失去理智，成为了怪物。威廉不断追赶血亲女儿雪莉。克莱尔带着雪莉回到密室，发现艾隆斯已经离去。此时，在地下室里，威廉将一团从自己身上分泌的病毒块塞进了艾隆斯的嘴里。克莱尔发现后想要除掉威廉，然而艾隆斯却用枪威胁克莱尔不准靠近。刚才被塞进艾隆斯嘴里的怪物快速成长，并从艾隆斯的身体里冲了出来。克莱尔奋力消灭了那个生物后带着雪莉逃跑。雪莉失足掉进下水道。威廉找到雪莉并给雪莉感染了“G”病毒后离去。在隧道里克莱尔找到了雪莉，就在此时威廉再度出现并疯狂袭击克莱尔，克莱尔拼死击退威廉。另一方面，里昂和艾达两人同样遭到威廉的袭击，艾达受伤，里昂苦战击退威廉。里昂为救艾达去寻找出路和解药。却又遇见受了伤的安奈特，安奈特以为里昂也是Umbrella的间谍，她告诉里昂艾达其实她也是Umbrella的间谍。安奈特正要动手杀里昂时屋子一阵剧烈的震动，安奈特被掉落的铁管击中昏迷。里昂从她身上拿到“G”病毒。这时艾达出现，向里昂讨要“G”病毒。里昂才痛苦的发现艾达真的是Umbrella的间谍。两人相持一会儿后艾达屈服了。就在他们准备搭乘逃生列车逃离时，Umbrella空投在浣熊市内的“Tyrant-002”（暴君改-002型）出现。艾达为救里昂被暴君杀死。翻身掉下铁桥。研究所自爆装置被暴君击中开始倒数。里昂狂怒之下奋力消灭了暴君。伤心之际里昂将“G”病毒扔下铁桥。不久后，掉落在下水道内的“G”病毒被Umbrella特种部队成员汉克（Hunk，第四幸存者）找到并回收。过了几小时，安奈特再遇克莱尔，并企图使用研制成功的病毒疫苗使早已变成怪物的威廉变回人。但是失去人性的威廉残忍杀害了安奈特。克莱尔从安奈特身上得到了疫苗合成方法，于是决定为雪莉配一剂。撤退途中，威廉再度袭击他们。威廉从G1进化到G5，最终还是被克莱尔击倒。里昂，克莱尔，雪莉三人搭乘火车逃出了浣熊市。另一边，吉尔苦于逃脱追踪者（Tyrant-203型）的追杀。途中，S.T.A.R.S成员布拉德·维克斯被追踪者所杀。吉尔在逃亡途中遇到了Umbrella生化危机特别应变部队成员（U.B.C.S）卡洛斯·奥利维拉（Carlos·Oliveira）、队长米克鲁（Michael·Victor）、烈哥拉（Nicolaiginovaef）。众人开动电车逃走，追踪者再度迫近，米克鲁为救卡洛斯和吉尔，用手榴弹和追踪者同归于尽。电车出故障，在钟楼停下。追踪者尾随而至，吉尔受重伤，并感染了病毒。卡洛斯拼死击倒追踪者。卡洛斯为救吉尔，前往医院取药，却发现烈哥拉实际是Umbrella的监视员，负责收集各种B.O.W的数据。卡洛斯和吉尔了解到明天早上将有一枚核弹将摧毁整个浣熊市。在废物处理工厂追踪者被硫酸腐蚀后被处理掉。然而，在实验体销毁工厂追踪者变异成为巨大的爬行生物，并且执着的袭击着吉尔，吉尔用威力强大的电磁炮轰碎了追踪者。最终卡洛斯和吉尔搭乘直升机逃离了浣熊市。
10月1日
美国政府为了杜绝后患，于十月一日晨投放了一枚核弹进行灭菌作战。整个浣熊市及周边区域被夷为平地，10万人在此次生化危机事件中死亡，史称浣熊地区生化危机事件。艾达·王被投靠至谜之组织“H.C.F”的前S.T.A.R.S队长阿尔伯特·威斯克的救助下复活。威斯克从威廉的尸体上回收了“G”病毒，并和艾达一起在灭菌作战前逃离浣熊市。
10月9日
席那岛刑务所的囚犯计划集体越狱。
10月10日
囚犯们企图夺枪越狱。席那岛司令宾赛德下令将逃犯全数枪杀。
10月11日
宾赛德将席那岛囚犯越狱事件以集体自杀的方式向Umbrella高层汇报。
10月中旬
美国中央情报局（CIA）和里昂·斯科特·肯尼迪取得联系，以雪莉和里昂的性命做要挟，迫使里昂接受了CIA赋予的秘密任务。
11月22日
宾赛德将T病毒散播到席那岛街道上，并伪装成病毒泄露的意外。
11月25日
受好友里昂委托潜入席那岛的亚克（Yark）拼死消灭了杀死了宾赛德的超级暴君（S-Tyrant），并连同幸存者洛特·克莱（Lott·Klein）和莉莉·克莱(Lily·Klein)逃离席那岛。席那岛因为宾赛德启动的自爆装置而爆炸，并沉入海底。
12月12日
为了寻找克里斯而侵入Umbrella巴黎分公司的克莱尔被逮捕并送往位于南太平洋的洛克福德岛军事训练所遭到监禁。
12月27日
谜之组织H.C.F得知阿莱克茜亚·亚希福特和维罗尼卡病毒出现在洛克福德岛，便命令阿尔伯特·威斯克率领特殊部队前往夺取。威斯克在轰炸过程中造成病毒泄漏。克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人斯蒂夫（Steve）相遇。在大厅里，阿尔弗雷德·亚希福特伪装成阿莱克茜亚的样子袭击克莱尔。后来，斯蒂夫为救克莱尔忍痛射杀了变成丧尸的父亲。在阿尔弗雷德的寝室，克莱尔再一次被阿尔弗雷德袭击，斯蒂夫帮克莱尔解了围。阿尔弗雷德气急败坏，启动了自爆装置，并将汉克早先运送来的暴君释放，命令它杀掉克莱尔。克莱尔和斯蒂夫搭乘飞机逃离里洛克福德岛，然而阿尔弗雷德操纵飞机飞往南极基地。暴君随即出现，克莱尔与斯蒂夫合力将暴君打下飞机。来到南极基地后斯蒂夫射伤了阿尔弗雷德。垂死之际，阿尔弗雷德唤醒了沉睡的阿莱克茜亚后死亡。克里斯收到里昂的信息后为救克莱尔也前往洛克福德岛，却遇到了本以为早已死亡的威斯克。威斯克痛恨克里斯等人，疯狂的攻击克里斯。但了解到阿莱克茜亚在南极基地后丢下克里斯前往南极基地。克里斯尾随而至，救了克莱尔。克莱尔随后前往寻找斯蒂夫，却发现斯蒂夫被阿莱克茜亚注射了维罗尼卡病毒，变异成为怪物。疯狂的攻击克莱尔之后，因为对克莱尔的爱，斯蒂夫强行恢复理智，变回人类，死在了克莱尔怀里。威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，并变身为巨大的蚁后般的怪物。克里斯消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。
2002年
和里昂一起接受特工训练的战友杰克·克劳撒（Jack·Krauser）在一次直升机事故中遇害身亡。实际上他借此机会投靠了阿尔伯特·威斯克。此时，世界三大巨头的公司合并，由迷之组织引导，成为三联公司。它涉及到生物医药、矿产开发、工业兵器生产三个领域。阿尔伯特·威斯克加入三联公司。
2004年
萨德勒的研究员路易斯·赛纳（Luis·Sera）发现了教主的野心并且意识到自己的力量不足，于是向曾经的同学约翰求救。收到求救信息的却是艾达。克劳撒为了取得萨德勒的信任而绑架了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此后，完成了特工训练已经成为总统私人保镖的里昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援总统千金。威斯克为了取得寄生虫样本，派遣艾达前来协助克劳撒。里昂在村庄里受到暴民的围攻，艰苦脱险后击倒村长进入城堡。里昂重遇艾达，两人却形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·萨拉查送往遥远孤岛上的军事基地，里昂则与城主开战，里昂击倒城主，与艾达一同前往孤岛。里昂遇到了两年前在事故中丧生的杰克·克劳撒，并与之一战，最终打倒了克劳撒。救下被教主萨德勒抓住的艾达后里昂与艾达协力击倒了萨德勒，艾达回收了寄生虫样本后启动了自爆装置，里昂与阿什莉乘坐救生艇逃脱，孤岛沉入海中。而路易斯为了帮助里昂被萨德勒杀死。艾达吧寄生虫样本交给了阿尔伯特·威斯克。此时威斯克已经成为三联公司的首席。此后数年，三联公司继Umbrella继续开发T病毒和G病毒，并将Las Plagas用病毒该良，使其拥有更高的攻击能力，可以在青年人身上寄体，使寄主失去理智，但拥有更高的智能和攻击意识。
2005年
美国政府事后迫于舆论压力冻结了Umbrella的资产，Umbrella的股票也一蹶不振，最终破产。同年，浣熊地区生化危机事件幸存者之一克莱尔·雷德菲尔德在哈弗维尔的机场等人，不料警察在人群中发现了一名丧尸，随后警察也被感染，机场一片混乱。接着，一架飞机紧急着陆，撞毁了机场大厅，从飞机上下来的全是丧尸。而今晨美国参议院的一名参议员正好在这个机场准备离开，同样被困。于是白宫派遣7年前生化危机事故的幸存者，同时也是总统直属特工的里昂·斯科特·肯尼迪前往协助特种部队应对危机。策划这起事件的是7年前亲人在浣熊市被害的柯提斯·米勒（Curtis·Miller），他得到了“G”病毒。他的要求是美国政府公开7年前事故的真相。在注射了“G”病毒之后，柯提斯疯狂攻击里昂和自己的妹妹，在特种部队服役的安吉拉·米勒（Angela·Miller）。最终里昂和安吉拉协力击败柯提斯，与克莱尔一起逃出并且炸毁了大楼。三联公司矿业分
2008年
克里斯·雷德菲尔德加入了美国政府成立的生化恐怖主义安全评估联盟（BSAA），并且被派往西非调查当地疑似种族冲突的事件。 克里斯来到西非无名小镇，此地在三国交界的活火山上。他遇见谢娃·阿洛玛（Sheva·Alomar）。一开始当地的居民均是十分健康，但随着火山的爆发，居民渐渐成为类似于丧尸的怪物。而这些人们变成怪物的原因居然是被Las Plagas II（Las Plagas二代）寄体，克里斯和谢娃陷入苦战。他们经过矿区，在一个两层楼高的休息室遇见黑军火商埃尔文，就在克里斯准备询问埃尔文时，埃尔文被一个戴面具的黑衣女子（Jill）带走。克里斯和谢娃经过原始部落，到达三联公司的矿场码头，再次遇见埃尔文。经过一番水上追逐后，克里斯和谢娃登上埃尔文的游艇。埃尔文在无奈中注射了Las Plagas与河马基因合成体的虫卵，进化成了巨型BOSS。虽然怪物的外壳十分坚固，但在克里斯和谢娃的努力下杀死了埃尔文。随后，游艇开到了一个山洞里。克里斯和谢娃没想到，Umbrella竟然在这地下深处建造了巨型实验基地。克里斯在实验转盘上找到了吉尔的实验罐，但吉尔不在里面。在Umbrella的地下花坛中克里斯竟发现了Umbrella的红白伞标记。后来阿尔伯特·威斯克和吉尔竟同时出现攻击克里斯。原来数月前的一次任务吉尔为救克里斯和威斯克一同飞下山崖，没想到威斯克竟然控制了吉尔。经过一番恶战，克里斯最终将吉尔身上的控制器拔除，并且和谢娃一同与威斯克开战。威斯克被正面击中，克里斯趁机把抑制威斯克力量的药剂注射进威斯克的身体，威斯克顿时失去了大部分力量，转身跳进飞机准备撤退。克里斯和谢娃紧随其后追进飞机。在飞机里，威斯克再次挑战两人。克里斯将飞机大门打开，威斯克和谢娃均被强大的气流卷住，威克斯和谢娃即将飞出去，克里斯奋不顾身的冲上前抓住谢娃，但威克斯又抓住了谢娃的腿，克里斯一枪将威克斯打下飞机。最终飞机撞毁在一处火山旁。威斯克愤怒的打开生化罐，疯狂地攻击两人。最终克里斯和谢娃凭借极其默契的配合将威斯克打到熔岩里，并乘坐吉尔叫来的直升机一起逃离火山。就在即将离开时，威斯克垂死挣扎的用触须缠住飞机，克里斯和谢娃一人拿起一把火箭筒，对准威斯克轰了过去，威斯克被埋在了熔岩之下，克里斯，谢娃和吉尔逃离当地。