文献分析软件RefViz点点通 | 丁香园

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文献分析软件RefViz点点通
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发布日期: 2006-10-06 00:19 文章作者: zhouxinwj
文章来源: 丁香园计算机版 文章编辑: url
RefViz是一个很有趣的软件,可以帮助管理参考文献,并且可以发现文献之间的关联性。具体使用方法笔者将逐一进行演示:
一、  建立RefViz数据库(Create View)
RefViz可以实现与Endnote和RM的无缝连接,即我们可以将手头的Endnote数据库和RM数据库直接导入。RefViz的PDF Help中介绍了通过下载多种数据库文件后建库的方法,不再赘述,这里介绍一下与参考文献管理软件之间嵌入的方法:
在RM或Endnote的安装目录下,均有一个文件Configure DataViz.exe,运行此文件后,按照Wizard的提示,找到RefViz安装目录下的RefViz.exe文件,然后按照提示就可建立链接。

打开RM,可以看到工具栏中已经出现RefViz的链接工具(Fig2),点击该工具栏,RefViz会开始自动建立相关数据库(注意此时新建的数据库自动保存在X:\RefViz\datasets文件夹中)。

此外,可以通过导出RM或Endnote数据库为RIS格式的文本文档,然后在RefViz中导入。

二、  工作视窗简介
A为文献关联信息区,显示文献按照主题词(最初建库时,这些主题词是由RefViz根据在文献数据库中某词的出现位置及频率自动生成的)的分类情况(在Galaxy视图中),以及主题词之间组和后的关联性(在Matrix视图中);
B为关键词显示区:
b1为一级关键词区,显示与文章关联性最强Keywords(最初建库时,也是由RefViz自动生成的,这些关键词和Galaxy视图中的关键词完全相同,是文献分类的主要依据)
b2为次级关键词区,与一级关键词协助进行文献分类;
b3为描述性关键词,意义不是很大。
C为文献基本信息区(已经把Advisor视图关闭)。

三、各视窗功能介绍:
在Galaxy视窗下,将鼠标放于某一类文献下,可以出现如图所示基本信息:
该图显示的是,第11类文献,总数为82条,Top Keywords 为 plaque, PTCA ,atherectomy。

点击此类文献,则C区和B区的信息随之变化。

此时,进入Matrix视窗,虽然关键词的排序以及关联性强弱没有发生变化,但是在第11类文献中出现的一级关键词均被着重显示为红色。
B区的Search功能比较简单,不再赘述。

下面详细介绍一下Matrix视窗的功能:
如下图,在valve和endocarditis的交汇点,出现文献的相关信息:相关性0.586,文献计数18条。(此相关性是如何计算出的,很神奇啊?!心内膜炎的确和心脏瓣膜之间有重要的联系;我的个人理解,该相关性的计算依据,可能是统计各词的出现频率,然后计算出的两个关键词同时在决定文献属性的某一个特定部位(如文章题目)出现的概率;的确,通过这种关联,可以确立文献之间的内在联系)。

下面,我们改变关键词的排列方式(由字母顺序排列改为相似性排列),如图(Fig9),可以发现横轴的关键词以其内在的相似性进行排列:ace (血管紧张素转化酶) acei (血管紧张素转化酶抑制剂) mi (心肌梗死)captopril (一种转化酶抑制剂)enalapril(另一种转化酶抑制剂),这几个具有内在相关性的词,竟然都出现在一起!!(电脑也会成为一个心血管专家!)。这种排列,无疑可以为用户提供重要的信息,可以揭示文献的研究热点和研究趋势(当然应该具备一定的专业判断能力);比起单纯的文献检索系统,RefViz在这一点上实在是聪明。
其它及类排列方式的组合,大家可以试一试,通过上面的介绍,可以触类旁通。

四、五、六、七:关键词工具,同义词定义工具,其它功能,总体评价见下页