美资助开发基因组数据标准研究工具

生物通报道：美国基因组研究所日前授予OpenHelix公司Small Business Innovation Research（小公司创新研究项目）经费100万美元用于开发基因组资源的一种网上培训 端口。这种工具将可能极大缩短定位和使用大量基因组和生物资源所用的时间。
OpenHelix表示，许多基因组学和生物信息学资源都未能充分利用，其原因是由于研究人员没有意识到他们的存在。另外，此前的这些工具全部都使用不同的导航方法和文献，使得研究人员很难利用它们。
生物信息学（Bioinformatics）是一门数学、统计、计算机与生物医学交叉结合的新兴学科,它已广泛地渗透到医学的各个研究领域中，成为生物医学发展不可缺少的重要 工具。 随着人类基因组计划的快速发展，生物信息学技术在人类疾病与功能基因的发现与识别、基因与蛋白质的表达与功能研究方面都发挥着关键的作用。生物信息学技术在基于基因与蛋白质功能缺陷的合理化药物设计方面也有着巨大的潜力。同时,生物信息学技术在亲子鉴定、罪犯识别等各方面都有重要的应用。
生物信息学是当前生物学领域的研究热点，在基因组数据分析、处理方面的作用非常关键。大规模测序是基因组研究的最基本任务，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙，到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库的。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设讨和信息分析时刻联系在一起．拼接与组装中的难点是处理重复序列，这在含有约30％重复序列的人类基因组中显得尤其突出。生物信息学家不仅获得了大量的序列和基因而且有越来越多的完整基因组。有了这些资料人们就能对若干重大生物学问题进行分析。而由完整基因组研究所导致的比较基因组学必将为基因组研究开辟新的领域。功能基因组时代，从分子水平的角度解释基因功能，揭示生物学过程的本质，是人们孜孜以求的目标。分子模拟技术与高性能计算机为这一目标的实现带来曙光。（生物通雪花）
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大豆基因组序列将会公开
美国能源部联合基因组研究所（US Department of Energy’s Joint Genome Institute 缩写，JGI）上周通知科学界，研究人员可自由获得初步的大豆基因组序列，以便利和刺激生物能源研究。
美国能源部之所以对大豆有兴趣是因为这种作物事重要的可再生、替代燃料（生物柴油）资源。生物柴油不但在替代燃料中具有最高的能量含量，而且还比传统的石油燃料更清洁。
该机构表示，有力详细的大豆遗传学信息，将有助于开发出更适合制造生物能源的大豆。美能源部在17号的一项声明中表示，有可能开发出一种个性化的生物质生产平台，讲生物柴油的油籽生产和先进的植物乙醇转化联合起来。
在一些消费者基因组学公司（consumer genomics firms）成立的几个月之后，医药公司引发了一场有关公司试图将基因组带入家庭并且医生试图治疗这些获新武装的患者的热烈争论。
世界权威医学学术杂志《新英格兰医学杂志》的社论称，像23andMe、Navigenics、Knome和DeCode Genetics这些公司提供大众化的遗传检测服务还未到时候。
根据这篇文章，这些消费者为主导的检测忽略了确定的多方面遗传检测队临床应用的关键方面，并且可能混淆了治疗或使医患关系复杂化。
尽管所有这些公司都宣称他们的检测能够作物医疗的基础，但是一些医生认为这些检测的消费者将会开始根据他们的结果寻找医疗方向。
这篇文章组织指出，消费者基因组检测有三个主要问题需要在这种检测成为医疗护理的一部分之前加以解决：分析的正确性、临床有效性和临床应用。
12专家：测序更多植物基因组
美国研究委员会（NRC）在本周发表的一项报告中称，以通过基因组学研究来探索植物秘密的NPGI计划应该拓展其测序能力，并且努力开发出表观基因组学和其他所谓的“omics”（生物组学，生物通注）学科的新工具。
这项由植物遗传学和其他领域的12位专家委员所准备的报告回顾了十年美国基因组学研究计划的成果，并且给出了将来研究的方向和目标。
在这些建议中，12专家呼吁扩大植物基因组测序、植物相关微生物测序、植物相关宏基因组（metagenome）测序和相关高质量注释。（宏基因组（Metagenome）是特定环境或共生体内所有生物遗传物质的总和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。宏基因组方法很大程度上依赖于提取DNA的纯度，大片段DNA的成功克隆也是宏基因组方法的关键。生物通注）