基因数据库(一)_杏林守望者 - 医药人空间 - tqg9 - 和讯博客

European Molecular Biology Laboratory (EMBL) ，欧洲分子生物学实验室。
http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html
Cambridge, UK.

·          UK Human Genome Mapping Project - Resource Center (HGMP-RC) ，英国医学研究委员会所属人类基因组图谱资源中心。
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/default.htm

·          SeqNet: UK Node of European Molecular Biology Network (EMBNet) ，欧洲分子生物学信息网。
http://www.seqnet.dl.ac.uk/default.htm

·          GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/index.html
GenBank at the National Center for Biotechnology (NCBI) of The National Library of Medicine (NLM) at The National Institutes for Health (NIH) campus, USA.

·          National Center    for Biotechnology Information (NCBI), 美国国家生物技术信息中心
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

·          DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/default.htm

·          Genome Sequence DataBase (GSDB) ，美国国家基因组资源中心维护的DNA序列关系数据库。
http://seqsim.ncgr.org/default.htm
The National Center for Genome Resources, Genome Sequence Database.
The server is a supercomputer with genomic algorithm accelleration.

·          Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), 在线人类孟德尔遗传数据库 。
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/searchomim.html
Database of human genes and their disorders, with textual information, images and references. Links to Entrez and MedLine.

·          European Drosophila Genome Project
http://edgp.ebi.ac.uk/default.htm

·          The Institute for Genomic Research (TIGR) ，美国基因组研究所。
http://www.tigr.org/default.htm

·          The Sanger Centre
http://www.sanger.ac.uk/default.htm

·          Swiss Institute of Bioinformatics (Expasy)
http://www.expasy.ch/default.htm

·          GenomeNet (Japan)
http://www.genome.ad.jp/default.htm

·          Australian National Genomic Information Service (ANGIS)
http://morgan.angis.su.oz.au/default.htm

·          Bioinformatics and Biology Resources on the Internet
http://aeiveos.wa.com/biology/index.html
An excellent site, well worth a visit!

·          List of other Genome Sites
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb/default.htm
List of other genome web sites. Concise and clearly presented.

·          Brunel University Online Teaching Programme
http://www.brunel.ac.uk/depts/bl/project/front.htm

·          Whitehead Institute for Biomedical Research (WI)
http://www.wi.mit.edu/

·          WICGR (WI/MIT Center for Genome Research)
http://www-genome.wi.mit.edu/

·          Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)
http://clio.cshl.org/

·          SMI (Stanford Medical Informatics)
http://www-smi.stanford.edu/projects/helix/

·          BNL (Brookhaven National Laboratory)，美国布鲁克海文国家实验室
http://genome1.bio.bnl.gov/

·          Weizmann Institute of Science ，以色列魏兹曼科学研究所
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

·          中国科学院上海生命科学院生物信息中心（BioSino）
http://www.biosino.org.cn/

·          北京大学生物信息中心(CBI或PKUCBI)
http://www.cbi.pku.edu.cn/

·          中国军事医学科学院情报研究所（AMMSnic）

http://www.bmi.ac.cn/bio/

生物信息数据库                                                   Back / Top

一．数据库目录

2000年，出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页，这个网页把数据库分成18类。在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息学手册》中，他们进行了合并，又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出，分成以下16类：

1.        数据库目录

2.        综合数据库。包括DNA序列阵：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene

3.        DNA序列数据库。主要是与基因结构和认定有关的数据库，如密码子使用频度表、真核生物启动子库、内含子和外显子库等

4.        RNA序列和核糖体数据库

5.        基因图谱数据库

6.        人类基因组数据库

7.        其他物种基因组数据库

8.        基因表达数据库

9.        基因突变、病理和免疫数据库

10.    蛋白质序列数据库

11.    蛋白质结构数据库

12.    比较基因组学和蛋白质组学数据库

13.    代谢途径和细胞调控数据库

14.    与农林牧有关数据库

15.    医学数据库

16.    其他数据库

二．综合数据库

l        INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。     

l        EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。
    http://www.ebi.ac.uk/embl.html

l        GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

l        DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。
http://www.ddbj.nig.ac.jp/

l        GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。
http://www.ncgr.org/gsdb/

l        TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

三．DNA序列和结构数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

l        BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http://www.biosino.org/

l        CUTG,密码子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

http://www.kazusa.or.jp/codon/

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

l        EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/

l        TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC

l           TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

l        OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
http://www.ifti.org/

l        RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html

l                         MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html

l        ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)

l                         Simple Repeats,简单重复序列库。
http://ncbi.nlm.nih.gov/

l        COMPEL,复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

l        MPDB,分子探针数据库。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html

l        HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/

l        PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库.
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/

l        PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物.
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

l        Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列.
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/

l        HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html

l        OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database).
http://www.cme.msu.edu/OPD/

l        dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)

l        dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)

l        AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB

l        HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

l                         DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

l                         NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/

l                         SELEX_DB,随机化序列库.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/

l                         ASDB,交替剪接基因的数据库.
http://hattrick.lbl.gov:8888/

l        Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/

l        IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html

l        EID,外显子、内含子数据库。
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/

l        ExInt,外显子、内含子数据库。
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html

l        NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/

http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html

l        VectorDB,载体数据库。
http://vectordb.atcg.com/

l        Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)

ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)

四．RNA序列和核糖体数据库。

l        1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
http://www.pitt.edu/~rna1/

http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html

l        snoRNA,小核仁RNA数据库。
http://www.bio.umass.edu/biochem/rna-sequence/Yeast-snoRNA-Database/snoRNA-DataBase.html

l        Small RNA数据库。
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html

l        RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型。http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html

l        tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。
http://www.indiana.edu/~tmrna/

l        tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html

l        gRNA,导引RNA数据库。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/

l        SRPDB,信号识别粒子数据库。
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html

l        TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/

l     类病毒和类病毒样RNA数据库。
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/

l        UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/

l        ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html

l        RNAmods,RNA修饰数据库。
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html

ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)

l        AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html

l        tRNA序列和基因、结构与功能数据库。

http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/

l        PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

http://www.ebi.ac.uk/services/

l        16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。

http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html

ftp://acad.fandm.edu(/nar/)

l        RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。

http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/

l        uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。

http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html

l        U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。

http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html

l        PseudoBase,假扭结数据库。

http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html

l        RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。

http://www.cme.smu.edu/RDP/

http://rdpwww.life.uiuc.edu/

http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)

l        SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。

http://rrna.uia.ac.be/ssu/

l        LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。

http://rrna.uia.ac.be/lsu/

l        5S rRNA数据库。

http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html

l        DRC,核糖体交链数据库。

http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/

l        ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/

l        RNA非正则配对数据库。

http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/

五．基因图谱数据库

l        Rhdb,辐射杂交数据库。

http://www.ebi.ac.uk/RHdb

http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

l        Mouse RH数据库。

http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

l        GDB,人类基因组数据库。

http://www.gdb.org/

ftp://ftp.gdb.org/

l        GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。

http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

l        HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)