国子监的职能与管理
明清时期，国子监虽然既是国家中央官学的管理衙门，也是国家最高学府，但是由于国子学、太学、四门学等中央官学被取消，教育职能全部被国子监承担，监、学统一，国子监原来所承担的管理职能被弱化了。
国子监具有教育、管理在监诸生、祭祀孔子、皇帝举行临雍与释奠礼时为皇帝讲经和主办新进士的释褐礼四项职能。其实，除上述四项职能外，国子监还有两项职能，一是管理监外的八旗官学、算学和俄罗斯学，二是组织每次乡试前愿意参加顺天乡试的全国贡、监生和在京小官以及高官子弟的录科考试（预考），录科后还要对合格者进行短期密集的模拟科举考试训练。
乡试前的录科考试对国子监来说是一项很繁重的工作。除本监监生的录科考试外，还要对不在监学习的贡、监生和在京杂职以及官员子弟进行单独的考试。
不在监学习的贡、监生要进行考到和录科两次考试。乡试的前一年，国子监就预先通知各旗和各省总督、巡抚，并转知各府、州、县，通知参加乡试的贡、监生带着本旗或本籍的证明在乡试年的二月到国子监报到肄业，湖南、贵州、四川、云南、福建、广东等道远省份的监生可以宽限到四月。不在监肄业的贡生、监生到国子监后要进行资格考试。第一场考试名叫考到，是初步筛选，从
乡试前，国子监要组织自愿参加顺天府乡试的在京候补、候选的官员、武英殿的校录、誊录、各官学的教习、小京官、笔帖式、天文生、算学生等人的录科考试，还要组织文职各京、堂、科、道、翰林院庶吉士以上、詹事府中赞以上、外官藩臬以上、武职京外二品以上官员的子孙、同胞兄弟、同胞兄弟之子进行录科考试。
国子监从其创立直到清代初期绝大多数时间内都是隶属于礼部管理，是礼部领导下的二级行政机构。但到清代时，国子监管理体制发生了重大变化，顺治十五年（1658年）将国子监独立出来，监事专属国子监，不再隶属于礼部管理，康熙二年（1663年）曾将国子监重新划归礼部管理，但八年后又将国子监独立了出来。
国子监从其创立直到清代初期绝大多数时间内都是隶属于礼部管理，是礼部领导下的二级行政机构。但到清代时，国子监管理体制发生了重大变化，顺治十五年（1658年）将国子监独立出来，监事专属国子监，不再隶属于礼部管理，康熙二年（1663年）曾将国子监重新划归礼部管理，但八年后又将国子监独立了出来。
清代时，国子监的最高负责人是管理监事大臣。管理监事大臣始于雍正三年（1725 年），皇帝“特命康亲王、果郡王领监事”，从此国子监一直由皇帝特派的大学士、尚书、侍郎等高官兼任国子监管理监事大臣。管理监事大臣总理本监事物，直接向皇帝负责，但管理监事大臣主要负责重要决策和对上申请、汇报等有关事务，国子监的日常具体事物仍然由祭酒负责。管理监事大臣在彝伦堂内东间办公。
国子监具体的主管官员是祭酒，清代设二名，满汉各一人，官阶为从四品。管理监内六堂、琉球学馆和监外八旗官学、算学馆、俄罗斯学馆的教学，朔望讲四书，主持乡试前全国贡生、监生的录科考试，八旗官学和算学学生的恩监考试，选送监生参加铨选考职，主管下属官员的考核升级，选派孔子庙释奠执事人员，主持孔子庙释菜，稽核本监财务。祭酒虽然官小俸少，但地位清要，非品学兼优者不能出任。祭酒的辅佐是司业，明代设一员，清代设三名，满、汉、蒙各一人，但蒙古司业只管八旗官学中的蒙古学，均正六品。其职责为“凡率官属以行政典，董师徒以勤教学，及遴选、保送、课试、甄核皆赞行之”，作为祭酒的副手，参与国子监的所有工作。
国子监的机构与办事官员
国子监的主要职责转向学校的管理和教学，国子监的机构也就紧紧围绕着管理和教学进行设置。在祭酒、司业的领导下，国子监设置四厅等为办事机构，六堂、八旗官学、算学、琉球学、俄罗斯学为教育场所。
绳愆厅是国子监监丞的办公处，主管国子监的监督核查，稽查师生勤惰、教学效果、财务收支，管理学籍，监督使用国子监印信，对违犯监规，无故旷课或擅离学舍的监生予以纠举惩治，相当于今天的教导处。
博士厅是国子监内教师阅卷、备课以及暂时休息的地方，类似于现在的教研室，国子监教
典簿厅是典簿的办公处，明代有专厅办公，清代有名无厅，典簿在绳愆厅内与监丞一室办公。负责对上对外的奏章、公文，资产管理，房屋、礼器维修，负责贡生、监生的入监和乡试资格核查，承办本监官员的陞调手续，掌管国子监印信。
典籍厅是典籍的办公处，清代也是有名无厅，在绳愆厅内办公，负责管理书籍、书板和碑石。
除四厅外，还有办事机构钱粮处、照房、当月处和档子房，办事官员还有笔帖式。
钱粮处掌管钱粮出入，主要是诸生的膏火费、衣服费、奖金、事故抚恤费和学舍维修费、大课及六堂讲课的公膳费。没有定员，由国子监主管委派本监的两名官员兼理。 照房掌管贡生、监生执照，入监时核对户部执照和户部来册登记发给，贡生、监生中举或斥革后负责追回。没有定员，由国子监主管委派本监满汉官各四人兼理，一年一换。 当月处负责传抄皇帝谕旨，收取各衙门公文后登记入册，次日呈送主管。没有定员，由本监满汉官员轮流兼任。
档子房掌管翻译、缮写满文奏折和各衙门公文，办理官员京察册籍等。没有定员，由满人助教和笔帖式主持。 办事官员还有笔帖式八名，负责文书翻译，其中满人四人，蒙古、汉军各二人，官阶为七品至九品不等。