中国西藏的历史沿革（中） -

西藏专题：中国西藏的历史沿革（中）
2008-03-21    陈庆英    中国西藏信息中心    点击: 2678
明代西藏历史
１３６８年朱元璋在南京称帝，建立明朝。当年明军北伐元顺帝逃离北京。１３７０年明军攻取洮、岷等州，并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，与此同时，明军另一路攻下元顺帝所据的应昌府，元顺帝不久病死，在北元势力大部被歼灭的情况下，原先一直忠于元朝的西北藏族首领才陆续顺应形势归附明朝。１３７０年河州地区的故元吐蕃宣慰使何锁南普降明，明太祖派人深入乌思藏地区招抚政教首领，１３７２年萨迦派的故元摄帝师喃加巴藏卜等归降明朝，并带领六十多人赴南京朝见了明太祖。哺加巴藏卜被明太祖封为“炽盛佛宝国师”，他还先后两次向明朝举荐故元的藏族旧官一百多人，他们都受到明朝的封赏。当时控制乌思藏大部分地区的帕竹政权的第悉（帕竹政权的首领的称号）是大司徒绎曲坚赞的侄子释迦坚赞（即《明太祖实录》所记的“故元灌顶国师章阳沙加”），元朝曾封他为灌顶国师。河州卫在了解乌思藏的情形之后，即向明太祖建议对他给以封赏，于是明太祖下诏仍封给他灌顶国师之号，并遣使赐玉印及彩缎、表里。而释迦坚赞就在１３７３年正月遣使入朝，贡以佛像、佛书、舍利。
在争取到藏族地区大部分僧俗首领的归附以后，明太祖考虑到“彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威”，于是对藏族地区的管理机构进行了一些调整和补充。１３７４年７月，明朝设西安行都指挥使司于河州，升河州卫指挥使韦正为都指挥使，总辖河州、朵甘、乌思藏三卫。后来又升朵甘、乌思藏二卫为行都指挥使司。当年１２月炽盛佛宝国师喃加巴藏卜及朵甘行都指挥同知锁南兀即儿等遣使来朝，又奏举土官赏竺监藏等五十六人。明太祖遂设朵甘宣慰司一、招讨司六、万户府四、千户所十七，以赏竺监藏等分别为指挥同知、宣慰司使、招讨司官、万户、千户等，并派员外郎许允德携诏书及诰、印前往赐之。
明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任了不少藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。明历朝实录和一些藏文史料中不乏这类关于藏族首领朝贡、受封赏的记载。由此我们可以说至少在明朝的前半期，明朝的都指挥使司、卫所的行政体制是在包括乌思藏在内的广大藏族地区得到实行的。例如，洪武十二年（１３７９）二月丙寅，“乌思藏指挥同知监藏巴藏卜、宣慰司官朵儿只令真、前都元帅索南藏卜、赏巴前司徒罗古监藏、仰思多万户公哥帕遣镇抚汝奴藏卜、僧哈麻刺来朝，贡兜罗帽、铁骊绵等物。”这里的赏巴前司徒罗古监藏是襄南木林的达那宗巴家族的罗追坚赞，他是著名的萨迦本钦甲哇桑布的第三子，曾被元朝封为司徒，《汉藏史集》说他在任襄南木林的首领时，兴建了同曼大城堡。这里的仰思多万户公哥帕即是江孜法王家族的首领贡噶帕，是江孜自居寺创建者热丹贡桑帕巴的父亲。“仰思多”即“年多”，指年楚河上游地区，为江孜地区的异称。贡噶帕曾任萨迦朗钦，是江孜宗城堡的兴建者。江孜在元代并不是一个万户，这里称他为仰思多万户，显然是明朝封给他的官职。洪武十八年（１３８５）正月丙寅，“以西番班竹儿为乌思藏都指挥使”。这里的班竹儿应是蔡巴家族的班觉桑布，他是著名的《红史》的作者贡噶多吉的长孙。《西藏王臣记》称他为“指挥班觉桑布”。同月壬午，“以乌思藏俺不罗卫指挥使古鲁监藏为乌思藏卫俺不罗行都指挥使司指挥佥事”。这里的俺不罗即羊卓，在元代为一个万户府，此名是说古鲁监藏的官职从卫指挥使提升为都指挥使司指挥佥事，这两个官职都是正三品。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕竹政权的家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
到永乐皇帝时，随着明朝对藏族地区情况的进一步了解，明朝对西藏的掌管一方、具有一定实力的高僧的分封也日益增多，其中地位最高、最为著名的有阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王。对于这些王的地位和性质、职权，有待进一步的研究分析。明代，在汉族地区只有皇帝的亲属朱姓男子才有可能被封为王，他们分散在全国各地，被称为“藩王”，享受丰厚的物质待遇，但是一般不参与地方和国家的行政事务。其他的功臣即使功劳再大，最多也只能封为候爵。对少数民族的政治首领，在他们表示臣服明朝的条件下，可以被封为王，例如塞北的蒙古各部的首领，有一些人拥有强大的政治军事力量，曾被明朝封给王号。而明朝在藏族地区所封的王则与他们有所不同，这些王是掌管一方的地方首领，但是他们又往往具有佛教僧人的身份。因此，他们的继承有的是师徒相传，有的是侄子继承，也有的是父子传承。因此他们的地位可以说是在世俗的王和明朝所封佛教首领的法王之间，既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分，因此明朝给他们的封号都带有佛教的内容。
永乐四年（１４０６）三月壬辰，明成祖派遣使者赍诏封乌思藏怕木竹巴吉刺思巴监藏巴里藏卜（扎巴坚赞）为灌顶国师阐化王，赐螭纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮衣三袭、锦绮五十匹、彩绢百匹、茶二百斤。以后帕竹政权的历任第悉，都拥有阐化王的封号。永乐四年（１４０６），明成祖令智光和尚出使乌思藏，灵藏僧人著思巴儿监藏遣使随智光来朝，被封为灌顶国师。第二年又被封为赞善王，并赐金印、诰命。赞善王的辖地在今天四川德格一带。永乐四年（１４０６），馆觉地方的政教首领宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入贡，被永乐皇帝封为灌顶国师，并赐以诰命。第二年（１４０７），宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝谢封，又被明成祖封为护教王，并赐金印、诰命，仍享有国师称号。馆觉地方即是今天昌都地区的贡觉县。赞善王和护教王的教派不详，可能与帕竹噶举、噶玛噶举和萨迦派都有密切关系。永乐十一年（１４１３），明成祖封思达藏地方（在今天的西藏日喀则地区境内）萨迦派首领南渴烈思巴（按《萨迦世系史》，他是款氏家族成员，全名为南喀勒贝洛追坚赞贝桑布）为辅教王，并赐诰印、彩币。此后贡使双方往来不绝，杨三保、侯显都曾被派往颁赐，而辅教王辖下的许多僧人也都前来朝贡，有的还留在北京任职。景泰七年（１４５６），南渴烈思巴派遣使者来朝贡，上陈自已年老，请求以其子喃葛坚粲巴藏卜代替，得到皇帝允许，赐以诰印、金册、彩币、袈裟、法器等。永乐四年（１４０６），止贡地方的止贡噶举首领锁南藏卜派使者朝贡，成祖封锁南藏卜为灌顶国师，赐予衣服、钱币等优厚的赏赐。十一年（１４１３），成祖又加封他为灌顶慈慧净戒大国师，并封其僧人领真巴儿吉监藏为阐教王，赐以印诰、彩币，命其管理止贡地方。
明朝除在藏族地区设置卫所，委任藏族僧俗首领外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王，封萨迦派首领为大乘法王，封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子（宣德年间加封为大慈法王）最为重要；其次是封藏传佛教的高僧为大国师、国师及禅师等。
１３７４年元朝摄帝师喃加巴藏卜向明太祖举荐元故官六十余人时，可能也包括噶玛巴乳必多吉在内，明太祖封他为灌顶国师。１３８３年噶玛巴乳必多吉去世，其转世为五世噶玛巴得协银巴（１３８４—１４１５），本名却贝桑布，西藏娘布地方人，四岁开始跟从噶玛噶举派红帽系二世活佛喀觉旺波学佛，被认定为乳必多吉的转世。十八岁时受到康区馆觉地方首领斡即南哥的尊奉和供养，他在康区一带巡游传法，很有名声。明成祖在他正式即位的１４０３年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩合邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于１４０６年从楚布寺出发。当年７月，噶玛巴在康区噶玛寺见到了侯显等使者，领受诏书，即随侯显等人一道前往南京。他们经青海一路于１１月抵达河州。然后经陕西、河南、安徽，乘船入长江，于１４０７年藏历正月抵达南京，驻锡灵谷寺。噶玛巴除了率领僧众在灵谷寺（今南京市中山陵东面）设十二坛城为明太祖夫妇作超度法事十四天外，还在皇宫中设坛为明成祖传授无量灌顶，讲经译经。噶玛巴活佛在南京所做的超荐法事和为明成祖传授灌顶等，自然不仅是一般意义上的佛教活动，当时明成祖刚刚用武力从他的侄子建文皇帝手中夺得皇位，在南京还面对着残留的建文皇帝的支持者的对抗和谴责，因此他急需利用从西藏招请来的噶玛巴活佛帮助他树立精神上的威望和表现他对其父母明太祖夫妇的思念和孝心。因此，明成祖对年轻的噶玛巴活佛表现了超乎寻常的倚重和尊崇。可能正是出于这样的考虑，明成祖决心对噶玛巴给予超过明太祖对藏传佛教首领加封的惯例的封号。永乐五年三月丁已，明成祖封得银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为灌顶圆修净慧大国师、高日瓦领禅伯为灌顶通悟弘济大国师、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为灌顶弘智净戒大国师，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒，以示庆祝。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于永乐六年（１４０８）四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送。得银协巴回到拉萨和楚布寺后，向大昭寺的觉卧佛像献了无比珍贵的珍珠袈裟，并给前后藏各教派有五名僧人以上的寺院熬茶布施，拉萨地区的领主内邬巴把拉萨布达拉山上的庙宇供献给他作为驻锡之地。他给阐化王扎巴坚赞等人讲经说法。可是不久以后，得银协巴在藏历木羊年（１４１５）八月十五日因突然患重病而去世。黑帽系第六世活佛通哇敦丹（１４１６—１４５３）继承了大宝法王的封号，从１４２６年到１４５０年的二十多年中，他先后八次遣使向明朝进贡，明朝曾召请他进京，但未能成行。宣德元年（１４２年）四月甲申，“赐如来大宝法王等使臣指挥使公哥等金织文绮、袭衣等物有差”。当时通哇敦丹年仅十一岁，可见明朝是承认他自动地继承了得银协巴的大宝法王的封号的。
被明成祖封为大乘法王的是萨迦派都却拉章的贡噶扎西（明代汉译为昆泽思巴）。其祖父为元朝的帝师贡噶坚赞贝桑布（１３３３－１３５８年任帝师），父亲为大元却吉坚赞。大元却吉坚赞在反对绎曲坚赞彻底失败，萨迦势力被迫迁到达仓宗以后于１３５６年到大都，被元顺帝封为“中兴释教大元国师”，并成为皇太子爱猷识理达腊专门供奉的上师。他与帝师喇钦索南洛追等在朝廷继续控告大司徒绎曲坚赞，但是没有成功，而于１３５９年在大都去世。贡噶扎西从幼年时起就开始学佛，在１３７２年以喇嘛丹巴索南坚赞为师受比丘戒，专心学习各种经论，到前后藏各地朝佛巡礼，讲经说法，成为萨迦款氏家族成员在宗教活动方面的一个代表人物，声名远扬，引起了明成祖的注意，两次造使前来召他进京。贡噶扎西当时年事已高（已６０岁），不听旁人劝阻，决心进京，于永乐十年（１４１２年）四月由萨迦寺动身，经过十个月的跋涉，于永乐十一年（１４１３）二月到南京朝见，并多次讲论佛法，深受皇帝敬信，被封为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正党大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，赐给管领僧众、护持释迦牟尼教法之诏书及金印。此后，他又去了北京、五台山等地，然后再到南京，为明成祖传授灌顶及经咒、护持等。明成祖赐给他银质喜金刚像、大威德像、铃、金刚杵等无数法器，此外还有大藏经、供器、僧帽、袈裟等，以及各种珍宝、金器、银器、绸缎、大小帐幕、茶叶、牛、马、骡等无数财宝。他于马年（１４１４）正月离开朝廷，十二月回到萨迦寺。贡噶扎西此次进京的另一重要收获是争取到明成祖发布命令让帕竹政权把萨迦大殿交还给萨迦派掌管，使萨迦众人努力了几十年的大事终于有了结果。１４１３年５月，明成祖派侯显等人从京城出发进藏，以向乌思藏许多首领传达旨意，其中带去了命令帕竹第悉交出萨迦大殿给予原主萨迦派的诏书，１２月侯显等人到达西藏，在颇章孜宣读诏书，萨迦派举行了十分隆重的庆典。此事反映出明朝中央对西藏政教势力之间的争执有决定处理的权力。
被明朝封为大慈法王的，是明朝初期才创建的藏传佛教的新兴教派格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴（tsong-kha-ps，格鲁派的创始人）入朝觐见的。还在格鲁派正式创立之前，宗喀巴的传法授徒活动就通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告引起了明成祖的注意。１４０３年明成祖派候显等人入藏召请噶玛巴得银协巴进京。１４０６年明成祖又遣使赍诏封帕竹第悉扎巴坚赞为阐化王。约在此时，明成祖给宗喀巴也送去了邀请的诏书，所以在藏历第七饶迥土鼠年（１４０８）六月，宗喀巴给明成祖写了一封回信，请明朝的使者带回。在这封回信里，宗喀巴对收到皇帝赐予的大量礼品表示衷心感谢，对皇帝的邀请则予以婉拒，“余非不知此是大地之大主宰为佛法着想之谕旨，亦非不遵不敬陛下之诏书，但我每与众人相会，便发生重病，故不能遵照圣旨而行，惟祈陛下如虚空广大之胸怀，不致不悦，实为幸甚！”明成祖仍然努力召请宗喀巴大师进京一见，永乐十一年二月（１４１３），当大乘法王已到京会见后，明成祖命使者侯显等再次赍诏召请宗喀巴大师，宗喀巴大师对众使者详细说明他不能进京的缘由，并给皇帝写了说明情况的回信，准备了回赠的礼品，请使者们带回。在这种情况下，很可能是明朝的使者们想到了请宗喀巴派一名弟子代替他入朝的办法，因此宗喀巴派弟子释迦也失代表他进京。
释迦也失出身于蔡巴地方首领的家族，于藏历第六饶迥的木马年（１３５４）生于拉萨东北的蔡贡塘。他从幼年时开始学佛，曾拜过许多老师学习佛法，后来以宗喀巴作为自己的根本上师，并随侍左右，担任了宗喀巴大师的司茶侍从。当侯显等使者请宗喀巴派一名殊胜弟子前往并得到宗喀巴同意后，释迦也失遂同侯显等同行前往内地。侯显等人随即将这一情况向永乐帝奏告。释迦也失师徒和侯显等使者们经山南、康区、里塘，抵达成都附近，受到成都府大小官员和军士的热烈欢迎。当他到达成都府城内时，永乐帝派来传送诏书的使者已在此恭候。诏书中说：“今闻上师你已离西上，不顾途中风雨烈日寒暑，渐次已行数万里之遥，前来此处，故朕心甚悦，难以言说。现今复遣人于途中赠礼迎接，以示缘起，以表朕心。”１４１３年１１月，释迦也失等到达北京城附近时，受到九门提督等官员的欢迎。在他们的接送下，释迦也失抵达有三层外城墙的京城北面外城墙，并下榻于莲花池旁的海音寺（或法音寺），这时永乐帝又派人送来圣旨，对释迦也失“不计数万里之路，跋山涉水，触风冒雨，历尽艰辛前来”。表示十分高兴，考虑到上师“远途而来，身体疲乏”，谕示上师面圣时可免行礼。接着释迦也失在皇宫中心的大善殿朝见了皇帝。皇帝非常欢喜，为他举行了盛大的接风宴会，并多次给予赏赐。次年明成祖调集全国五十多万军队，亲自率领，出长城攻打蒙古瓦拉部。在取得战争的胜利返回北京后，１４１５年４月，“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命”。据藏文史料称，释迦也失在京期间，还用医药和传授灌顶的办法为明成祖治好了重病。此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。１４１６年释迦也失带着在汉地首次刻版印刷的大藏经《甘珠尔》朱砂木刻本的荐新样本和明成祖亲自撰写赞语的释迦也失的画像回到了西藏。这是两件重要的文物，前者是中国最早的藏文木刻版大藏经，对后来藏区的刻版印刷术和藏族文化的发展具有深刻的影响。这部珍贵的藏文木刻版大藏经至今仍保存在色拉寺中。１４１６年释迦也失回到拉萨后向宗喀巴大师供献了从汉地带回的大量财物。１４１９年，宗喀巴大师在临去世前到了色拉却顶，并指示释迦也失在此兴建一座大寺院，在释迦也失主持下，色拉寺在当年动工，费用由内邬宗本南喀桑布提供大部分，释迦也失从汉地带回的财物也起了重要作用。１４２５年５月释迦也失再次到北京，在北京居住十余年，并在这期间宣德皇帝封他为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正党如来自在大圆通佛”。最后释迦也失于１４３５年在返藏途中去世，享年８２岁。他在北京时曾带领藏族僧人为兴建法海寺捐资助缘，留存至今的北京法海寺的石碑上他名列首位。
明成祖不但封藏传佛教领袖为大宝法王、大乘法王等，而且对他们的弟子也封给大国师、国师的名号。从明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了许多藏族僧人为大国师、国师等，并赐给封诰和印章，明朝所封授的大国师、国师等职，不仅仅是一个名号，而且还有品级。一般大国师为秩四品，国师为五品，禅师为六品，他们在京城，还给以俸禄，所以当时留居北京的藏传佛教僧人很多，其开支全由光禄寺供应。宣德十年（１４３５）明宣宗去世，明英宗即位，年方九岁。当时明朝为节约开支，曾下令减少在京居留的藏族僧人。据统计当时在北京各寺院中仅官府认为应当减去的藏族僧人即达１１００多人。明英宗掌政后仍然大量封授藏族僧人，在宪宗成化、孝宗弘治、武宗正德年间更达到高峰，宪宗成化末年有时一次升职授职的藏族僧人达数十人之多，明武宗还专门在西华门内修建了一座“豹房”，同藏族僧人一起诵经、研习经典，以致于有记载说明武宗通晓梵（藏）语，他还自封为大庆法王，自已给自己颁发了一枚“定为天字一号”的“大庆法王西天觉道圆明自在大定慧佛”的金印。正德十年（１５１５）明武宗派太监刘允到西藏赍送番供等物，迎请“活佛”。刘允这次出使，动员大批人力财力，严重扰乱地方，耗费巨大，结果却完全失败。到明世宗嘉靖时，由于明世宗崇信道教，排斥藏传佛教，藏族僧人在北京的活动才进入低潮。
帕竹政权在明代保持着对西藏主要地区的控制权，但是萨迦派还控制着后藏的一些地区（吉隆、拉孜等）。大司徒绎曲坚赞曾对帕竹政权规定了许多制度，如帕竹第悉必须是朗氏家族的出家僧人，并且要担任过泽当寺的法台，各个宗的宗本由有功的家臣担任，而且实行轮换，以保证政权的统一。第三任第悉京俄扎巴绎曲生于１３５６年，１３７１年担任丹萨替寺法座，本来是不应当担任第悉的，但是１３７３年第二任第悉释迦坚赞去世后，帕竹议事会全体成员恳请他兼任帕竹第悉。他同意在其异母弟索南扎巴成年前兼任这两个职务，因此被称为“喇本”（即同时担任帕竹第悉和丹萨替寺京俄的人）。１３８１年，他扶植索南扎巴任帕竹第悉，自己仍任丹萨替寺京俄。第四任第悉索南扎巴时，由于帕竹内部出现一些纷争，他辞去第悉职务，到丹萨替寺就任京俄。到１４０５年，他又辞去京俄职务，遁世修行，第五任第悉阐化王扎巴坚赞时，对一些制度作了改变，特别是宗本实行家族世袭，使仁蚌巴、琼结巴、内邬巴、扎喀哇等家族成为具有固定领地的封建领主。与此同时，扎巴坚赞还厘定条例，规定帕竹各级官员按品级的高低，穿戴不同的服饰，制定官员集会的礼仪，强化封建统治集团内部的等级制度，以此来维护封建统治秩序。１４３２年扎巴坚赞去世后，帕竹朗氏家族开始发生分化和内争，第六任第悉扎巴迥乃的父亲桑结坚赞企图取代儿子的第悉职位，在１４３４年引起一场大动乱，一些贵族世家乘机掌握了实权。扎巴迥乃在担任第悉后还俗娶妻，破坏了绎曲坚赞关于帕竹第悉只能由僧人担任的规定。从此以后，帕竹政权的历任第悉由娶妻生子的在家俗人担任，帕竹第悉成为父子世袭的职位。贵族中权势最突出的仁蚌巴家族，以后藏仁蚌为基地，通过与帕竹家族的联姻，操纵帕竹政权，并引起多次的内战。后来帕竹朗氏家族分为乃东的一支和贡噶的一支。所以明代中后期西藏地方势力的混战和争斗持续不断。直到第悉藏巴在日喀则兴起，建立一个时间很短的第悉藏巴政权。
明代西藏历史中的另一件大事是格鲁派的产生和发展。格鲁派的创始人宗喀巴（１３５７—１４１９）是青海湟中县人，７岁出家，１６岁时到拉萨学佛。他拜数十位各派高僧为师，学通佛法，后来自己招收弟子，宣传自己的佛教主张。他得到帕竹政权的阐化王扎巴坚赞和内邬宗宗本南喀桑布的支持，在１４０９年正月在拉萨发起正月祈愿大法会，并在同年兴建甘丹寺。由此建立起格鲁派。格鲁派宣布在教理上继承了阿底峡和仲敦巴所传的噶当派的教法，因此许多噶当派的寺院转为格鲁派，所以发展很快。宗喀巴在世时其弟子扎西贝丹建哲蚌寺（１４１６年），释迦也失建色拉寺（１４１９年），与甘丹寺合称为拉萨三大寺，这是格鲁派早期的基础。１４１９年宗喀巴去世时，格鲁派还没有采用活佛转世的办法来解决领袖人物的继承问题，是由他弟子贾曹杰、克珠杰等相继继承他的法座，称为甘丹赤巴。此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴（１３９１—１３７４）在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承。但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措（１４７—１５４２）是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。１５１２年意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。这时仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿大法会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回，１５１７年根敦嘉措出任哲蚌寺法台，１５１８年由他主持拉萨正月祈愿大法会，争回了格鲁派僧人参加祈愿大法会的权力。１５２５年他又兼任色拉寺法台。从此根敦嘉措的历辈转世都要担任哲蚌寺和色拉寺的法台，这就使他的转世系统的影响和实际地位超过了甘丹赤巴，成为格鲁派的实际的领袖。内邬宗宗本还把哲蚌寺的别墅送给他，改名为甘丹颇章。
使得格鲁派能够取得更大发展的关键人物是根敦嘉措的转世索南嘉措（１５４３—１５８８）。他看到蒙古军事力量再次进入青藏高原给格鲁派带来的新的发展机会，在１５７７年应率部到青海的蒙古土默特部首领俺答汗的邀请从拉萨到青海，１５７８年他们在青海湖南面会见。俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，这是“达赖喇嘛”这个名词最初出现，格鲁派立即以俺答汗所赠的这个名号作为从根敦珠巴开始的这个活佛转世系统的称号，索南嘉措自然就成为第三世达赖喇嘛。由于索南嘉措和俺答汗的关系，以及他按照明朝的要求劝说俺答汗返回蒙古，他又受到明朝的重视。在索南嘉措１５８６年到呼和浩特主持俺答汗的葬礼时，明朝派人封他为“朵儿只唱”，并邀请他到北京，但是他１５８８年在到北京的途中去世。紧接着格鲁派和土默特部认定俺答汗的一个重孙云丹嘉措（１５８９—１６１６）为索南嘉措的转世，成为蒙古人出身的四世达赖喇嘛。云丹嘉措带着一些蒙古军队和贵族到西藏坐床，对当时遭到新兴的第悉藏巴猛烈打击的格鲁派是极大的支持，使格鲁派在十分困难的环境中能够生存下来。云丹嘉措到西藏后由扎什伦布寺的法台洛桑曲吉坚赞（１５７０—１６６２）当他的经师和授比丘戒的堪布，这提高了洛桑曲吉坚赞在格鲁派和扎什伦布寺中的地位，以后扎什伦布寺的法台就由他和他的历辈转世担任，形成了格鲁派中另一个重要的活佛转世系统即班禅转世系统。
１６１６年四世达赖喇嘛去世，第悉藏巴利用战胜支持格鲁派的拉萨地区的首领吉雪巴的余威，下令禁止达赖喇嘛转世，没收哲蚌寺和色拉寺的上地和属民。格鲁派从青海请来蒙古土默特部的军队，打败第悉藏巴的军队，加上第悉藏巴彭措南杰去世，新任第悉藏巴噶玛丹迥旺波只有十六岁，左右亲信意见不一，在洛桑曲吉坚赞的请求下，噶玛丹迥旺波同意准许寻找云丹嘉措的转世。这样五世达赖喇嘛才得以认定并迎请到哲蚌寺坐床。到１６３０年，蒙古察哈尔部林丹汗受后金压迫，向西击败土默特部，并向青海移动，格鲁派再次处于危险之中。在这种情况下，格鲁派第巴索南热丹派人向信奉格鲁派不久的在新疆的卫拉特蒙古求救。１６３６年和硕特部首领固始汗率兵进入青海，并在１６３７年到１６３９年攻占青海和康区。１６４２年固始汗和格鲁派联合攻打第悉藏巴，打下了日喀则，消灭了第悉藏巴政权，建立起和硕特部和格鲁派联合统治的甘丹颇章政权。
１７９５年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命画工画了他身着袈裟的藏式唐卡，派专人送到拉萨。１７９８年八世达赖喇嘛在布达拉宫的三界殊胜寝殿（萨松南杰殿）内专门建造佛龛供奉乾隆皇帝的僧装画像，像前还供有“当今皇帝万岁万万岁”的牌位，后来认定十世、十一世、十二世达赖喇嘛的金瓶掣签仪式即是在这里举行的。
清代前期的西藏（1644—1840）
固始汗控制西藏以后，和格鲁派联合建立了甘丹颇章政权，在这个政权中，固始汗自己作为甘、青、康及卫藏地区的汗王，成为全藏族地区的统治者。他派遣了八个儿子率部驻扎青海，建立了以他为领袖的和硕特部根据地。命令以所征康区赋税供给青海部众，将卫藏赋税供养达赖、班禅，使格鲁派寺院在经济上得到实惠。他本人及两个儿子则长期拥兵坐镇拉萨，在拉萨以北的达木地区（今当雄）驻扎重兵，起震慑保护作用，从而在全藏区形成了蒙古汗王统治的局面。在甘丹颇章政权内，西藏地方的高级行政官吏和世俗贵族由固始汗任命封赐，其中官职最重要的就是第巴。至于卫藏地区的行政命令，必须经由固始汗盖印、发布执行，第巴只是副署盖印而已。
固始汗看到明朝气数已尽，在东北兴起的后金有统一天下的可能，所以他也积极寻求政治靠山，在占领青海之初，就遣使到盛京（今沈阳）朝见皇太极，开始了和后金的交往。还在入据西藏以前，他就与五世达赖喇嘛和班禅四世等商议，并由四世班禅出面，争取到第悉藏巴等政教首领参加，联合派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。１６４２年，代表团一行始到盛京，皇太极出城亲迎，“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对争取蒙藏各部的重视。皇太极对代表团给予了优厚赏赐。次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、达赖、班禅及第悉藏巴等其它政教首领，
１６４４年（顺治元年），清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频繁。翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。他还与五世达赖喇嘛共同遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教首领几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强同中央政权的政治联系，固始汗还上书清朝，说“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。” 同时他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。１６５２年（顺治九年）达赖喇嘛带领大批随从起程，当年年底到达北京，顺治帝在北京南苑以狩猎的形式，不拘礼节地迎接会见了他，“赐坐，赐宴，待以殊礼”。另外还赏给金、银、大缎、珠宝、玉器等大量礼品。五世达赖喇嘛进呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氇、马匹、羔皮等千件贡礼。达赖喇嘛留京两个月期间，应邀两次进皇宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列的佛事活动。其中为专程自大漠南北、山西五台山赶到北京的蒙古科尔沁秉图王及汉族僧侣，为御前侍卫拉玛，为成百数千人讲经传授各种法戒，撰写启请、发愿、赞颂及祭祀析愿文等等，所接受的礼金、各类礼品、法器以及社会各阶层馈赠的不可胜数。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。１６５３年初，在达赖喇嘛返藏途中，顺治帝派官员赶到代噶（今内蒙凉城），赐给五世达赖喇嘛金册金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”。自此，清中央政府正式确认了达赖喇嘛在蒙藏地区的宗教领袖地位，历辈达赖喇嘛经过中央政府的册封遂成为制度。清政府在册封五世达赖喇嘛的同时，又派大臣和五世达赖喇嘛一起去西藏，给固始汗赉送以汉、满、藏三体文字写成的金册金印，封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认他的统治藏族地区的汗王的地位。清朝的支持对新建立的甘丹颇章政权的巩固起了重要的作用。
１６５４年固始汗去世，诸子争位，相持不下，汗位空悬四年之久，最后妥协解决，由达什巴图尔主持青海各部，达延汗主持西藏政务。然而他们缺乏其长辈的威望和才能，而五世达赖喇嘛凭倚朝廷的支持，权力及威望日益增强。１６５８年固始汗任命的第巴索南饶丹去世，经过两年的协商，最终由五世达赖喇嘛任命他的亲信仲麦巴赤列嘉措出任第巴，任命第巴的权力从蒙古汗王转移到达赖喇嘛的手中。１６６２年四世班禅大师洛桑曲吉坚赞去世，西藏的政教权力进一步向达赖喇嘛集中，但是在军事上格鲁派仍然要依靠和硕特部的保护。１６６８年达延汗去世，汗位又空悬了三年，１６７１年才由达赖汗继位。五世达赖喇嘛在后期扶植仲麦巴赤列嘉措的侄子桑结嘉措掌权。１６７６年五世达赖喇嘛提名当时年仅２４岁的桑结嘉措出任第巴，因时机尚未成熟，桑结嘉措谢绝这一任命，由达赖喇嘛的却本洛桑金巴担任，说好三年后让位。１６７９年达赖喇嘛再次提名，桑结嘉措正式就任第巴职务。１６８２年五世达赖喇嘛去世，桑结嘉措为保持自己的地位，稳定局势，以五世达赖喇嘛临终做出了安排和与拉达克的战争正在进行为由，和少数亲信决定秘不发丧，“伪言达赖入定，居高阁不见人，凡事传达赖之命行之”，继续以五世达赖喇嘛的名义掌政。桑结嘉措看到，必须依靠清朝中央政府的支持和敕封，自己才能名正言顺地统治西藏，因此他极力设法向清朝请求敕封，１６９４年（康熙三十三年），他借五世达赖喇嘛的名义，上奏朝廷说：“臣已年迈，国事大半第巴主之，乞请皇上给印封之，以为光宠。”康熙帝经过反复考虑，最后封给桑结嘉措“法王”称号，同时赐给“掌瓦赤喇但喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”。为了防止自己的权力被和硕特汗剥夺，桑结嘉措还与新疆的准噶尔部首领噶尔丹接纳关系，利用准噶尔部和和硕特部的矛盾，牵制和硕特汗。在噶尔丹和清朝的斗争中，桑结嘉措用五世达赖喇嘛的名义为噶尔丹说话，遭到康熙皇帝的申斥。桑结嘉措还违反格鲁派寻访达赖喇嘛的转世灵童的惯例，一手包办五世达赖喇嘛的转世灵童的寻访认定，于１６８５年秘密地选定在门域出生的仓央嘉措为五世达赖喇嘛的转世。直到１６９４年清朝打败噶尔丹，从准噶尔降人口中听到五世达赖喇嘛早已圆寂的消息，严辞责问，桑结嘉措才向清朝报告五世达赖喇嘛圆寂多年，其转世已经认定。在经过清朝同意后，１６９７年将仓央嘉措接到后藏浪卡子宗，由五世班禅为其剃度授戒，随后迎接到布达拉宫坐床。
五世达赖喇嘛去世后，西藏的蒙藏统治集团的矛盾一直在逐渐加深，桑结嘉措依靠政治权谋和手腕来保持和巩固自己的地位，无助于问题的解决，在清朝和准噶尔部的斗争中，桑结嘉措逆历史潮流而动，错误地支持准噶尔部的噶尔丹，与清朝也有矛盾。１７０１年达赖汗去世，拉藏汗继位。自拉藏汗上台后，桑结嘉措与他的关系很快就紧张起来。１７０３年，双方的部下在拉萨争斗，经三大寺高僧调解，矛盾暂时得到缓和。桑结嘉措辞去第巴之职，由他的儿子卓萨继任，拉藏汗到当雄居住。但这种妥协很难维持长久，１７０５年第巴·桑结嘉措集结各地兵力到拉萨，与拉藏汗再次爆发了武装冲突，拉藏汗从当雄兵分三路反攻，在澎波决战，桑结嘉措兵败后被擒杀。拉藏汗进入拉萨后，随即派人到朝廷，报告事变的经过，并奏称仓央嘉措是假达赖喇嘛，平日耽于酒色，不守清规，请予以废黜。康熙皇帝认可了拉藏汗的行动，派护军统领席柱、学士舒兰为使，到西藏封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。同时下令“拘假达赖喇嘛”及桑结嘉措妻、子解京。仓央嘉措在解往北京的途中，“行至西宁口外病故”，年仅二十四岁。拉藏汗另找了一个格鲁派僧人意希嘉措，立为达赖喇嘛，清朝在派人带领青海蒙古诸台吉的代表进藏询问五世班禅后，于１７０７年批准意希嘉措为六世达赖喇嘛，１７０９年派人进藏册封，并赐给金印，由五世班禅主持，在布达拉宫举行坐床。
但是，拉藏汗废立达赖喇嘛的举措却引发了新的矛盾。三大寺的一些僧人和在青海的和硕特部的部分不满拉藏汗的贵族首领不愿承认意希嘉措，把仓央嘉措的一首著名诗歌“天空洁白的仙鹤，请它双翅借给我，不会远走高飞，到理塘转转就回”作为预言，秘密地派人到康区理塘寻访，终于找到了１７０８年出生的格桑嘉措，作为仓央嘉措的转世，转移至康区北部的德格地方加以保护。清朝对此难以处理，下令将格桑嘉措送到塔尔寺居住。拉藏汗和青海蒙古首领的不和，引起康熙皇帝的担忧，于１７０９年又派遣了侍郎赫寿到西藏“协同拉藏办理西藏事务”。西藏的这种混乱的政治局势果然被准噶尔部的策妄阿拉布坦所利用，他先是将女儿嫁给拉藏汗的儿子，以联姻迷惑拉藏汗，然后在１７１７年以护送女儿、女婿的名义选派精兵长途奔袭，突击西藏。同时还派遣一小股军队去塔尔寺，企图劫持格桑嘉措，以号召人心。当准噶尔军到达藏北草原时，拉藏汗才发现形势不对，匆忙召集人马抵御。尽管准噶尔派去塔尔寺的军队被清军击溃，但是到藏北的准噶尔军仍宣传他们已经接到了真正的达赖喇嘛，将送到拉萨来，以此涣散拉藏汗的军心。拉藏汗在战争胜败难定的情况下，就仓促撤回拉萨城，想坚守拉萨，等待清朝派兵救援。但是准噶尔军得到那些不满拉藏汗的僧俗人众的配合，拉萨城很快被攻破，拉藏汗逃进布达拉宫，不久在突围时被杀死。准噶尔军废黜意希嘉措，自己委派官员，向僧俗勒索财物，对不服从的寺院和地方则派兵烧杀抢劫，使曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院遭到严重破坏。一些原来对准噶尔军抱有期望的人也大失所望。清朝在１７１８年派西安将军额仓特率兵数千进藏，因情况不明，准备不足，在藏北草原被准噶尔军围困，粮食断绝，全军覆没。消息传来，清朝朝野震动，康熙皇帝看到如果任由西藏被准噶尔军占据，西南、西北各省都不得安宁，力排众议，在１７２０年再次出兵，以皇十四子允题为大将军，指挥清军和青海蒙古首领的军队一起进藏，驱除准噶尔军，同时承认格桑嘉措，封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，并护送格桑嘉措到拉萨坐床。这时拉藏汗的旧部康济鼐和颇罗鼐等人也在后藏起兵，占据阿里和后藏的一些地方，截断在西藏的准噶尔军和新疆的联系，前藏的贵族阿尔布巴、扎尔鼐等人积极和清军联系，配合清军进兵。准噶尔军在清军大兵压境的情况下，稍作抵抗后就仓皇逃跑，出兵时的七千精兵，逃回准噶尔的不到一千人。
清朝在驱除准噶尔军以后，没有让青海蒙古首领统治西藏，而是建立了清朝对西藏的直接统治，从西藏贵族中任命几名噶伦掌政，以康济鼐为总理西藏政务的噶伦。但是掌政的噶伦之间很快就发生矛盾，１７２７年，噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人为争权夺利，煽起内讧，戕杀康济鼐，并派人去后藏捉拿颇罗鼐。颇罗鼐闻讯，立即意识到这是背离中央政府旨意的一次阴谋。于是在火速奏报朝廷的同时，毅然再次于后藏起兵，联合康济鼐之兄阿里总管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵数千人，向阿尔布巴等人宣战。双方在江孜交战半年多，颇罗鼐攻入拉萨，在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴等人，奏请清廷处置。此时清朝派遣的大军抵达拉萨，经共同审核事实，将阿尔布巴等人处斩。清廷肯定了颇罗鼐的功绩，封他为贝子，任命他为首席噶伦，后来又晋封为郡王，由他领导西藏地方的行政。颇罗鼐之下清朝还任命噶西巴·纳木扎勒色布腾和策仁旺杰两位噶伦，但地方大权由颇罗鼐一人总揽。为防止准噶尔军再次侵扰和西藏统治集团的内争，１７２８年雍正皇帝下令把七世达赖喇嘛移到四川泰宁的惠远庙居住，还命七世达赖喇嘛之父索南达结进京，封他为“辅国公”，以防止他干预藏政，这是达赖喇嘛的亲属受中央封以爵位的开始。直到１７３５年准噶尔部的威胁解除，雍正皇帝派副都统福寿和章嘉国师若必多吉护送达赖喇嘛返回拉萨。清朝还于１７２７年设立驻藏大臣，在拉萨设立了驻藏办事大臣衙门，直接监督地方政权，留驻藏清军二千人，归驻藏大臣指挥。通常驻藏大臣为两人，一为办事大臣，一为帮办大臣，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣住在西藏。另外清朝还划定了西藏和青海、四川、云南的地界，确定西藏的行政范围。
颇罗鼐为医治战争创伤，安定社会秩序，解决生产凋敝、民不聊生、经济拮据的困窘，增强地方自身的防御作战能力等，做了许多有益的事情。颇罗鼐在清朝驻藏军队的指导下，在拉萨北郊兴建了扎什兵营，分期操练了由骑兵一万人、步兵一万五千人组成的藏军。自此，西藏有了一支兵械较齐备，且训练有素的军队，于西藏通往准部各条道路上“严设卡伦，准噶尔自是不敢窥藏”，维护了西藏边境之安宁。他还整顿驿站，保证政令文书的传递。他按照乾隆皇帝的安排接待准噶尔部经清朝批准派来的熬茶礼佛的使团，受到清朝的嘉奖。１７４７年颇罗鼐去世，其子珠尔墨特那木扎勒袭封郡王，总管全藏事务。然而他上台后，专横跋扈，结党营私，杀害其驻守阿里的兄长，又与达赖喇嘛不和，敌视驻藏大臣，阻断驿传军书，还设法和准噶尔部联络，争取准噶尔部作外援。由于驻藏清军大部分已在１７３３年撤回内地，拉萨形势非常危急。１７５１年驻藏大臣傅清、拉市敦抢先将珠尔墨特那木扎勒诱杀，他们自己被珠尔墨特那木扎勒的党羽杀害，驻藏大臣衙署被焚毁，钱财被洗劫一空，史称珠尔墨特那木扎勒之乱。事件发生后，七世达赖喇嘛即命公班智达代理政务，将杀害驻藏大臣的凶手捕获，安定拉萨局势，等待清朝派员进藏处理。清朝所派的四川总督策楞带兵入藏后，经过调查研究，提出了“酌定西藏善后章程”十三条，乾隆帝深刻地反省了过去珠尔默特那木扎勒之所以敢怀逆志谋反，就是因为西藏“地广、兵强、事权专一”，“噶伦事务于事权极有关系”。所以清政府为一劳永逸之计，决定以此次平乱为契机，改革西藏地方政制，废除郡王独理专擅西藏政务的制度，规定由达赖喇嘛领导噶厦掌管西藏的政务，分权于一僧三俗的四位噶伦手中，这是僧人出任噶伦的开始。噶伦之间地位平等，遇事秉承驻藏大臣和达赖喇嘛的指示，共同处理地方各项事务，不得独断专行。同时由驻藏大臣监督管理。还把原属珠尔墨特那木扎勒管辖的藏北三十九族和达木（当雄）蒙古划归驻藏大臣直接管理。
七世达赖喇嘛掌政不久，在１７５７年圆寂，清朝派章嘉呼图克图进藏，主持寻访达赖喇嘛转世的事务，同时任命第穆活佛（丹吉林）为摄政，代理达赖喇嘛管理西藏事务。这是达赖喇嘛去世到新一辈达赖喇嘛掌政之间由清朝任命一名高僧代行达赖喇嘛职权的摄政制度的开始。经六世班禅参与，认定了八世达赖喇嘛强白嘉措（１７５８—１８０４）。１７７７年第穆活佛去世，清朝派当时在北京雍和宫任堪布的策墨林活佛（策墨林）进藏担任摄政。这种由达赖喇嘛、驻藏大臣、摄政共同掌管政务的体制在这一时期建立起来。１７７９年清朝迎请六世班禅进京，１７８０年８月六世班禅抵达热河，参加为乾隆皇帝祝贺七十大寿的活动，然后到北京。１０月底六世班禅因病在北京黄寺圆寂。１７８４年八世达赖喇嘛亲政，１７８６年团章嘉国师若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京，命济咙呼图克图协助达赖喇嘛办理政务。
１７８８年发生了廓尔喀侵扰后藏的事件。历史上的尼泊尔，是指分布在加德满都谷地巴勒布人生活居住的阳市（即今加德满都）、库库穆、叶楞三部，藏语称之为巴勒布。１７６８年，本属尼泊尔部落之一的廓尔喀人，乘巴勒布本国内讧之机，吞并了巴勒布三部，并迁都阳布。后藏与廓尔喀地域紧密相连，彼此间以物易物或钱货买卖，经济关系非常密切，不过双方贸易中也不时发生一些小的摩擦和结怨。１７８８年廓尔喀以钱币兑换问题和西藏地方“商税增额、食盐揉上”为借口，出动三千人马抢占了后藏边境的济咙、聂拉木、宗喀三处。乾隆皇帝命成都将军鄂辉、四川提督成德带兵火速驰援西藏剿办，又命理藩院侍郎巴忠以御前侍卫钦差大臣的官衔赴藏办事，与鄂辉、成德会商一切善后事宜。在巴忠抵藏之前，后藏仲巴呼图克图等先与廓尔喀私下进行和议，答应向廓尔喀赔款赎地。巴忠到拉萨后，一方面与鄂辉、成德会商，让红帽活佛徽谕廓尔喀投顺，退回所占聂拉木等三处地方，并立具甘结，永不犯藏界；另一方面，他又自遣使者与廓尔喀讲和。廓尔喀在得到一纸西藏每年向其赔款３００个元宝的字据后，撤出了占领的后藏地方。巴忠等人隐瞒实情，向朝廷谎报“已将聂拉木、宗喀、济咙等地方次第收复”，“奏凯班师”，为廓尔喀第二次入侵西藏留下了祸根。１７９０年廓尔喀派人入藏讨取“赎地”银，达赖喇嘛和噶厦拒绝支付，遣使与之谈判，要求“撤回合同”，遭到廓尔喀拒绝。事情报告到朝廷，乾隆皇帝才知道巴忠报告的功劳都是假的。鉴于西藏形势危急，清朝派策墨林活佛再次进藏担任摄政，他到拉萨后只有几个月，就在１７９１年３月去世。清朝命八世济咙活佛（功德林）担任摄政。１７９１年７月廓尔喀以西藏方面爽约为由，悍然发动了第二次侵扰西藏战争。在短短的十几天内迅速占领了聂拉木、定日、萨迦、济咙等宗。红帽活佛为报复其兄仲巴呼图克图不分六世班禅的遗产给他的私怨（红帽活佛是六世班禅和仲巴呼图克图的同母异父兄弟），竭力唆使廓尔喀兵抢劫扎什伦布寺。驻藏大臣保泰得悉事态，慌忙将七世班禅移往拉萨，幸免被俘。仲巴呼图克图携大量金银珠宝细软逃跑。其余济仲喇嘛、扎寺堪布并众僧等，在占卜师宣称“不可与贼作战”的诓骗下四下逃散，廓尔喀军洗劫了扎什伦布寺。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的八十名清军，坚守日喀则宗堡，与敌交战，保住了城堡。消息传来，清廷大为震动，巴忠自知罪责难逃，投湖自杀。乾隆皇帝决定派遣福康安为大将军，超勇公海蓝察为参赞大臣，率领满、汉、蒙、回、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等数个民族组成的一万七千余人的大军，分三路进藏讨伐。在西藏人民的支援下，１７９２年 ５月，清军收复全部失地，将廓尔喀军驱除。７月，清军势如破竹，长驱直入廓尔喀境内，打到距阳布二十里地方，廓尔喀派大头人前来投降，放回了被抓去的噶伦丹津班珠尔等人，交出了从前“贿和”的合同和服毒自杀（有说因病身亡）的沙玛尔巴骨殖及其妻子儿女仆人等，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物并班禅的金册等。乾隆皇帝考虑到当地节气较早，天气骤冷，若大雪封山，全体将士后果不堪设想，故指示福康安接受廓尔喀的乞降禀贴及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，还派人赴京呈进贡品多种。９月，福康安率大军自前线凯旋班师。
根据乾隆帝的指示，１７９２－１７９３年，大将军福康安与孙士毅、惠龄、驻藏大臣和琳等经过长期酝酿，拟订了有关治理西藏各方面的章程，并报经中央政府核准颁布实施，其中关于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《钦定藏内善后章程》二十九条（藏文本）。
章程的要点是：１、行政人事权方面，规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅平等。所有噶伦以下的首领及办事人员、管事僧人皆是隶属关系，事无大小，都得禀明服从驻藏大臣办理。噶伦、代本的任免升迁，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拟写两份名单，呈报大皇帝选择任命。其余前藏大小文武官员由驻藏大臣和达赖喇嘛委任，发给满、汉、藏三种文字执照。后藏官员依照前藏之制，由驻藏大臣和班禅协商委任，发给执照。２、宗教监管理权方面。设置“金奔巴瓶”，嗣后达赖喇嘛、班禅及藏区各地呼图克图“灵童”的认定，须由驻藏大臣监督主持，将其名字生辰年月，以满、汉、藏三种文字书于象牙签牌上，然后置于金瓶内当众掣出，报请中央政府正式批准。藏地各大寺院活佛人选，由达赖喇嘛、驻藏大臣及呼图克图认定，并发给盖有以上三人印章执照。青海蒙古王公迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣发给通行护照。赴外地朝佛僧侣，亦需领取护照，始得通行。如若私自前往，一经查出，惩处该管堪布及札萨等主管人员。达赖喇嘛所辖寺庙之活佛、喇嘛及全藏各呼图克图所属寨落人户，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖喇嘛处各存一份。３、军事方面。设三千名正规军队，前后藏各驻一千名，江孜、定日各驻五百，兵员由全藏征调。所征兵员造册两份，各存驻藏大臣衙门及噶厦。代本、如本、甲本、定本由驻藏大臣并达赖喇嘛择选年轻有为者充任，并发给执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏并检阅军队。军队粮饷由地方政府筹办，交驻藏大臣分春秋两季发给。军队所需弹药，由噶厦派人携带驻藏大臣衙门公文，赴工布地方制造下发。４、司法方面。对于一般案件的处理，“可以缘依旧规，但需分清罪行之大小轻重，秉公办理”。处罚犯人、没收财产等，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门或报经驻藏大臣审批，始能处理。各地汉官、噶伦和宗本等，如有依仗权势，无端侵占别人财产，欺压或剥削人民事情，即可报告驻藏大臣予以查究。５、外事方面。外事集权于中央，一切西藏外事交涉权，统归驻藏大臣负责办理。西藏地方与外国行文，须以驻藏大臣为主与达赖喇嘛协商处理。廓尔喀人往见，其回文须按驻藏大臣指示缮写。边境重大事务，更要根据驻藏大臣指示处理。外藩所献贡物，给达赖喇嘛等人来文须呈驻藏大臣查阅，并代为酌定回书，交来人带回。所有噶伦不得私自向外藩通信，当外藩行文噶伦时，必须交驻藏大臣并达赖喇嘛审阅处理，不得私自回信。外国来藏商旅，必须登记、造具名册呈报驻藏大臣衙门，按其路线签发路证，并在江孜、定日两地派兵驻扎，检查路证。外人来拉萨者，须向边境宗本呈报，经沿途检查，将人数报驻藏大臣衙门批准。西藏到廓尔喀塑建佛像的人，也由驻藏大臣签发路证，限定日期返回。６、财税方面。由驻藏大臣设置专门机构铸造银币，统一货币成色和折算比价，不允许西藏流通邻国货币。西藏地方收支，统由驻藏大臣审核，每年春秋各上报朝廷一次。济咙、聂拉木两地抽收大米、食盐及各种物品之进口税，依原例办理。除非请示驻藏大臣同意，地方政府不得私自增加税额。地方税收、乌拉等各种差役平均负担，实有劳绩需要优待免除差税者，由达赖喇嘛并驻藏大臣协商发给免役执照。
《钦定藏内善后章程》是清朝中央政府总结元以来历代王朝对西藏治理的经验，为行使对西藏的完全主权而制定的一个重要的法律文献，它标志着清政府在西藏的施政达到了成熟和较完备的阶段。它的制定和实施，对于加强和发展中央与西藏地方的关系，密切祖国各民族之间的联系，巩固西南边防，防御外敌入侵，安定社会秩序，发展生产以及改善藏族人民的基本生活条件等，起到了良好的作用。
１７９５年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命画工画了他身着袈裟的藏式唐卡，派专人送到拉萨。１７９８年八世达赖喇嘛在布达拉宫的三界殊胜寝殿（萨松南杰殿）内专门建造佛龛供奉乾隆皇帝的僧装画像，像前还供有“当今皇帝万岁万万岁”的牌位，后来认定十世、十一世、十二世达赖喇嘛的金瓶掣签仪式即是在这里举行的。
１８０４年八世达赖喇嘛圆寂后，清朝命济咙活佛继续摄政，１８０７年摄政及广大僧俗向驻藏大臣请求，说寻访到的在四川邓柯地方出生的灵童确系“第八世达赖喇嘛转世，请奏明皇上，免于金瓶掣签”，经驻藏大臣奏请，以皇帝批准免予金瓶掣签的方式，认定了九世达赖喇嘛隆多嘉措（１８０５－１８１５），并于１８０８年在布达拉宫坐床。１８１１年摄政济咙活佛去世，清朝任命八世第穆活佛任摄政。１８１５年九世达赖喇嘛圆寂，年仅十岁。１８１８年摄政等人仍通过驻藏大臣转奏，请求免予金瓶掣签认定他们在里塘寻访到的灵童为达赖喇嘛的转世，被嘉庆皇帝驳回，驻藏大臣也因此受到申斥。按嘉庆皇帝的命令，另外再寻访两名灵童，与里塘的灵童一起，在１８２２年举行金瓶掣签，认定了里塘出生的灵童为十世达赖喇嘛楚臣嘉措（１８１６－１８３７），并举行坐床典礼。因八世第穆活佛在１８１８年去世，清朝命出生于甘南在雍和宫任堪布的二世策墨林活佛出任摄政，所以此时的摄政是策墨林活佛。１８３０年，驻藏大臣兴科会同十世达赖喇嘛和摄政，派噶伦夏扎等人为清查人员，对各个宗谿的户口、差税、封地文书、免役执照等进行审核清查，编写成清册，呈报达赖喇嘛和驻藏大臣审批后，下发各宗谿遵照执行。这是清代西藏规模最大、最彻底的一次土地差税清查。１８３７年十世达赖喇嘛圆寂，由摄政策墨林活佛组织寻访转世灵童，并在１８４１年举行金瓶掣签认定了十一世达赖喇嘛凯珠嘉措（１８３—１８５５）。就在同一年，西藏军民还击败了得到英国殖民主义者支持的森巴军队对阿里的入侵。当时占据了拉达克地方的印度锡克族森巴人大头目倭色尔带兵侵占藏境，夺据达坝噶尔及杂仁、补仁三处营寨。驻藏大臣孟保先命噶伦才丹多吉和代本比喜领兵一千三百人往剿，后又派藏族官兵五百名兼程增援。翌年初，战斗结果为击毙包括倭色尔在内的森巴军官四十余人，歼灭敌兵二百余人，俘虏八百余人。拉达克头人及部落酋长纷纷献上兵器，达坝噶尔等地营寨及土地一千七百余里被收复，边境肃清。这是继反击廓尔喀两次入侵后，在驻藏大臣的主持下，取得的又一次军事胜利。
清代后期的西藏（1841—1911）
１８４０年发生的鸦片战争，使中国历史进入近代史时期。中国近代史的总的特点是帝国主义列强侵略中国，使中国逐步沦入半殖民地半封建社会，中国各族人民进行了英勇的反帝爱国斗争，而清朝封建统治阶级为维护他们的统治，对外妥协退让，对内镇压人民的反抗。西藏近代史也具有和全国近代史相同的特点。
二世策墨林活佛任摄政二十多年，权势很重，同时也与西藏僧俗产生了一些矛盾。１８４４年七世班禅等僧俗上层控告他贪赃受贿、勒索百姓，并有暗害九世达赖喇嘛、十世达赖喇嘛和虐待十一世达赖喇嘛的嫌疑，清朝命驻藏大臣琦善查办。琦善即是在鸦片战争中昏庸误国，在广州向英国侵略者妥协的投降派主要人物，后被革职，后来又被派到西藏任驻藏大臣。经琦善奏准，将二世策墨林撤职关押，期间曾被色拉寺僧人抢出，图谋翻案未成，被押送回甘南居住。琦善随即请七世班禅出任摄政，七世班禅在拉萨担任代理摄政七个多月，即辞职返回扎什伦布寺。清朝就任命九世热振活佛阿旺意希楚臣坚赞（锡德桑丹林）担任摄政。
此后，西藏地方的僧俗上层之间的矛盾接连不断。１８５５年摄政热振活佛和噶佗夏扎旺秋杰波等控告第穆活佛不守清规，经驻藏大臣奏准，将第穆活佛押往后藏宗喀监管。当年尼泊尔在英国的支持下再次派兵入侵后藏，西藏军民进行了英勇抵抗；但是由于当时清朝正忙于镇压太平天国，无法顾及，因此１８５６年在驻藏大臣赫特贺的主持下，由西藏地方和尼泊尔签订了协议，损害了西藏地方的利益。此后不久，夏扎旺秋杰波又和热振活佛发生矛盾，夏扎等人对摄政的权力提出挑战，但是热振活佛取得了胜利，旺秋杰波被免职并关押在尼木庄园，又因其妻告发他与尼泊尔官员通信，摄政派代本吞巴去处理他，他争取到吞巴代本的同情，被允许在自己的庄园中剃发修行。１８５６和１８５８年通过金瓶掣签确定了八世班禅和十二世达赖喇嘛。１８６２年初夏扎和甘丹寺、哲蚌寺的一些上层僧人合谋，借发放布施的一些问题，鼓动两寺的僧人发动暴乱，驻藏大臣满庆偏袒暴乱者，摄政热振活佛携带印信逃出拉萨，到北京告状。驻藏大臣满庆即将夏扎旺秋杰波请出以协助办理商上事务的名义掌握摄政的职权。清朝一面批准满庆的奏请，一面派人进藏查办。但当时道路不通，拖了很久，此事也没有结果，１８６３年２月热振活佛就在北京去世。１８６４年夏扎旺秋杰波去世，这一场统治集团的斗争就不了了之。１８６６年清朝任命担任过甘丹赤巴和达赖喇嘛经师的四川打箭炉地方出生的高僧罗布藏青饶汪曲担任摄政，赐给诺门汗和呼图克图名号，此即一世德柱活佛。但是几年以后，１８７１年西藏又发生动乱，曾帮助夏扎旺秋杰波上台的甘丹寺僧人（后任基巧堪布）班垫登珠纠集部分僧俗官员和甘丹寺僧人，杀死多名僧俗官员，企图逼迫摄政德柱活佛下台，并废黜十二世达赖喇嘛。事情败露后，班垫登珠等逃往甘丹寺，摄政与驻藏大臣调集数千军队，围攻甘丹寺，班垫登珠战败后逃跑，在途中被杀。１８７２年摄政德柱活佛去世，十二世达赖喇嘛亲政，不到三个月就去世了。清朝任命济咙活佛阿旺贝丹曲吉坚赞为摄政，他在１８７６年主持寻访达赖喇嘛转世灵童，并通过驻藏大臣奏准免予金瓶掣签，认定了十三世达赖喇嘛。１８８２年八世班禅去世。１８８６年摄政济咙活佛去世，根据僧俗大众的推荐，清朝任命八世第穆活佛阿旺洛桑赤列饶杰为摄政。１８８８年通过金瓶掣签认定了九世班禅。１８９４年十三世达赖喇嘛已经十九岁，摄政第穆活佛辞去摄政职务，由达赖喇嘛亲政。到１８９９年又发生了达赖喇嘛和卸任的摄政的亲信之间的斗争，即“第穆妖鞋”的事件，第穆活佛及其亲信被捕，第穆活佛死在监狱中，丹吉林的庄园、寺庙和属民都被没收，并不准寻访其转世。
西藏人民反抗英国侵略的斗争
这一时期西藏历史的另一个重要的内容是英国和俄国帝国主义势力对西藏的侵略。帝国主义的侵略活动大致可以分为几个阶段。一、早期西方传教士的活动，开始于明朝的末年。１６２４年葡萄牙教士到阿里古格，曾建立过天主教教堂，１６２７年有葡萄牙教士到日喀则活动。１７１５年又有传教士德悉德利等到拉萨，进行传教活动，到１７４５年清朝下令把在拉萨的外国传教士遣送出境。虽然这些传教士在西藏活动的直接目的多数是传播基督教，但是他们收集西藏的自然地理和社会情况，并把这些情报资料送回西方国家，为后来西方帝国主义国家的扩张和侵略做了前期准备，成为西方殖民侵略政策的先锋。二、英国殖民主义者进入南亚次大陆比葡萄牙人和法国人晚，但是他们后来居上，打败了葡萄牙人和法国人，侵占印度各小邦的领土，成为在印度的最主要的侵略势力。英国早期在印度的侵略活动是以东印度公司的名义进行的。１７６４年东印度公司征服孟加拉以后，侵略的矛头接着指向喜马拉雅山南麓的不丹、锡金、尼泊尔等国，同时英国东印度公司力图以商业贸易的名义进入西藏，与英国在中国东南海洋上的活动相配合，进一步从西面开展对华贸易。１７７０年东印度公司利用不丹属下的库赤贝哈尔的内乱，吞并库赤贝哈尔，并与不丹发生冲突，不丹向六世班禅求救，六世班禅派人前去调解，东印度公司乘机在１７７４年派遣波格尔等到日喀则会见六世班禅，企图与西藏建立通商关系，并要六世班禅介绍他去拉萨和北京，这些要求都被六世班禅拒绝。１７９３年英国派马嘎尔尼为特使，带着英国国王的书信到热河见乾隆皇帝，要求和中国扩大通商等，他在热河见到从西藏回京的福康安，还向他打听西藏和尼泊尔的情况，马嘎尔尼并没有达到英国的目的。此后英国东印度公司改变了策略，决定先把势力伸张到尼泊尔、锡金、不丹等国，强迫他们接受英国的“保护”，并通过他们向西藏倾销英国的商品。１８１４年东印度公司利用廓尔喀王室争夺王位的斗争和尼印边界的领土纠纷，发动了对尼泊尔的侵略战争。当时尼泊尔曾派人到西藏，通过驻藏大臣向清朝请求援助，并指出英国侵略尼泊尔的最终目的是为了打通侵略西藏的道路，一旦尼泊尔失败，不仅尼泊尔再不能向清朝贡献方物，西藏的安全也会受到严重的威胁。可是清朝政府对南亚地区的形势变化缺乏认识，把英印对尼泊尔的侵略依然看作是境外的“蛮夷之争”，认为尼泊尔人危言耸听，只是为了争取中国的援助，另一方面当时清朝国力也逐渐衰落，不愿再劳师远征。所以虽然嘉庆皇帝派四川总督赛冲阿带兵进藏，但是连赛冲阿仿照福康安的先例向英印和尼泊尔发出文书，要双方罢兵，也受到皇帝的斥责，说他多事。驻藏大臣也奉命对尼泊尔的求援加以驳斥。１８１６年尼泊尔在战败后和英印签订条约，英印不但占领了尼泊尔的部分土地，而且规定尼泊尔和锡金的争端由英印来仲裁，这就为英印侵略锡金提供机会。１８１７年英印又和锡金订约，将其从尼泊尔手中夺得的原属锡金的两块地方交还锡金，以此为诱饵，使锡金接受英印的“保护”。１８３５年东印度公司从锡金“租借”了大吉岭，１８６１年英印又强占了锡金南部大片地方。他们还把铁路修到大吉岭，在附近山地推广种茶，以便长期经营。１８６４年英印出兵攻打不丹，强占了不丹南部的山口地区，以每年给不丹五万卢比作为补偿，用小恩小惠拉拢不丹的一些贵族头领。噶伦堡地区就是在这时被英印占领的。这样，英帝国主义就把它的侵略基地建到了西藏南面的大门口上，对西藏形成巨大的威胁。三、鸦片战争以后，英国、法国和俄国等国，利用与清朝签订的不平等条约，派出许多探险家、传教士，以游历的名义从各个方向进入中国藏族地区活动。英国还派出许多间谍化装成从印度来的朝佛者，偷偷地带着测量工具，在西藏测绘地图，记录气象资料，侦察西藏的军事设施。俄国还利用其统治下的蒙古布利亚特地区和西藏的宗教联系，派遣僧人入藏活动，同时组织探险家进入藏族地区。这些人侦察藏族地区的道路、地形、社会情况，绘制地图，为进一步侵略中国的藏族地区作准备。这些探险家遭到藏族僧俗的强烈反对，他们多次向清朝呈递公禀，表示坚决反对允许洋人入藏游历考察，噶厦还一再命令各地僧俗官员，绝对不准洋人入藏，一经发现，就要全力阻拦，让他们返回。随着英国和俄国在亚洲争霸，英国为巩固它在印度的殖民统治，极力把势力范围扩大到喜马拉雅山以北。为了达到这个目的，英帝国主义对中国西藏的侵略活动逐步升级，直到对西藏发动两次武装侵略战争。
面对英印在喜马拉雅山南麓的扩张对西藏严重威胁，广大西藏人民决心进行坚决的抵抗，保卫自己的家园，以十三世达赖喇嘛为首的西藏僧俗上层也从英印侵略锡金、不丹、尼泊尔的事例中看到英印的侵略活动对他们的政治经济利益和宗教地位的危害，主张抵抗英印的侵略。１８８４年西藏地方政府在南部和锡金接界的的各个险要路径上建立哨卡，防止英印派人越界窥探。特别是在则列拉山西南的热纳宗的隆吐山修建了高大的堡垒炮台，派２００名藏军驻守，密切监视英印在锡金的动向。英帝国主义对西藏人民加强自己边防的措施，竟然十分恼火，千方百计加以阻挠破坏。１８８５年他们派人以考察商务和矿产为名，从锡金进入岗巴宗，遭到当地官员和军民的坚决反对，不准他们前进，双方相持数月，英人不能前进，竟然威胁要派兵“讨伐”。英国又向清朝施加压力，要清朝让西藏撤退边防。他们先是说西藏在隆吐山设防是阻碍通商，后来又向清朝政府发出照会，干脆宣称隆吐山是在受他们“保护”的锡金的领土之内，西藏军队在这里设防是越界行为，要西藏限期撤卡退兵，否则他们就要采取军事行动，武力解决。当时的清朝政府在西方帝国主义列强的连续进攻和打击下，对英帝国主义一味妥协退让，一经英国以武力进攻相威胁，就不问是非曲直，传令驻藏大臣文硕，要他让西藏地方政府撤退在隆吐山的驻军。清朝的这一命令遭到西藏军民的坚决抵制，他们给驻藏大臣呈递公禀，指出热纳宗历来就是西藏的地方，隆吐山在热纳宗东北，当然是西藏的地方。虽然在嘉庆年间因锡金土王的请求，西藏准许锡金牧民在热纳宗的部分草地“通融住牧”，但是热纳宗仍是西藏的地方。同时申明西藏人民已下定决心，“誓死抵御，决无二心”，纵然“战至男尽女绝”也绝无反悔。英帝国主义在理屈词穷的情况下，竟然采取无赖的手段，宣称隆吐山以北的捻纳才是热纳宗，要西藏军民退到捻纳。同时英帝国主义积极调兵遣将，运送弹药，准备发动战争。１８８８年２月，英军即对设卡防守隆吐山的藏军发动突然进攻，藏军进行了英勇的抵抗，经过几天的鏖战，在英军大炮的猛烈轰击下，藏军无法坚持，撤退到纳汤，建石墙防守。同时陆续调集前后藏民兵上万人增援前线。清朝政府在战争开始后，仍然坚持退让求和的方针，并在３月将主张抵抗英印侵略的驻藏大臣文硕撤职，另派升泰接任驻藏大臣。升泰到任后，主张满足英印的要求，和英军议和，并阻止藏军对英军发动反攻，以致贻误有利战机，使英军可以从容准备再次发起进攻。８月，英军在大量增援后又对驻守纳汤的藏军发动攻击，藏军虽然人数众多，但是武器装备落后，实际力量比英军差很多，造成藏军再次战败，退回到则列拉山。１０月，升泰从拉萨到亚东前线与英印谈判议和，清朝的总理各国事务衙门竟然派了一个英国人赫政来做升泰的翻译和助手。赫政以“中间人”的面目出现，一面为英方暗送情报，出谋划策，一面又向升泰施加压力，迫使升泰完全屈服于英方的要求。在谈判结束后，１８９０年２月，清朝派升泰到印度加尔各答，和英国驻印度的总督兰斯顿签订了《中英会议藏印条约》，不但承认了锡金受英国保护，而且按照英国的要求以则列拉山为划分西藏和锡金的分界，使中国失去了从热纳宗到岗巴宗南部的大片土地和牧场。１８９２年升泰在仁进岗病死，１８９３年清朝派何长荣为代表到大吉岭和英方签订《中英会议藏印续约》规定中国开放亚东为商埠，英国在此可以享受治外法权，并规定五年内藏锡边界进口的货物概不纳税。这两个条约遭到包括西藏人民在内的全中国人民的坚决反对，拉萨三大寺号召西藏人民不同英印贸易，抵制印度茶叶运销西藏，西藏人民还拆除英印所立的界碑，坚持到分水岭上自己原来的牧场上放牧，显示了坚决抗击英印侵略的勇气和决心。
虽然英国通过第一次侵略西藏的战争取得了许多利益，但是英国帝国主义者并不以此为满足，积极准备对西藏进行更大规模的侵略。１８９４年中日甲午战争中，中国被日本打败，帝国主义列强掀起瓜分中国的狂潮。１９００年八国联军侵略中国后，英国认为有机可乘，积极准备再次对西藏发动大规模的侵略战争。１９０２年夏天，英国派兵闯入岗巴宗的甲岗地方，拆毁定界的鄂博，驱除守界的藏军，抢走当地牧民的牛羊。１９０３年英国又派兵到岗巴宗挑衅，一直闯到岗巴宗所在地，要求中国派官员到岗巴宗谈判，西藏地方政府急忙派出７００名藏军到岗巴宗布防，并派仲译钦波和擦绒代本和知府何光燮去岗巴宗谈判，由于英方无理取闹，宣称何光燮的职位不够担任谈判代表，要驻藏大臣前来谈判，使谈判没有取得进展。实际上英帝国主义在岗巴宗的挑衅和谈判只是为了转移西藏军民的注意力，他们早就在策划对西藏发动新的军事进攻。
１９０３年１１月，英国调集步兵、骑兵、炮兵３０００多人，由麦克唐纳少将指挥，以护送政务司荣赫鹏上校去和驻藏大臣谈判的名义，偷偷翻越则列拉山，在西藏方面毫无准备的情况下，不顾当地官员的劝阻，一举占领亚东。在得到英军占领亚东的消息后，驻藏大臣裕钢不愿前去谈判，西藏地方政府急忙调兵到帕里去防守，并命令各宗的民兵赶往帕里增援。但是在藏军赶到之前，英军抢先于１２月底占领了帕里。接着英军继续以护送荣赫鹏为名前进到堆纳，在这里才遇到由莱了色代本、郎色林代本和吉浦如本指挥的奉命前来阻止英军前进的藏军２０００余人。莱丁色代本等要求英军退回到亚东再开谈判，荣赫鹏蛮横地拒绝了这一合理的要求。双方对峙到１９０４年的３月，英军在做好准备后，悍然对西藏军队发动进攻。当时藏军右翼在堆纳北面五英里多庆措湖西岸的曲米森谷地方，并建了一道矮墙作为防御工事，左翼在多庆措湖的南岸。荣赫鹏等假意同莱丁色代本等在阵地前对话辩论，并说双方应表现和谈的诚意，以英军将子弹退出枪膛为伪装，欺骗藏军将火绳枪的引火熄灭。当时藏军只有很少军官有快枪，火绳枪的引火熄灭后重新点燃要较长时间，而英军的快枪很快就可以把子弹重新推上膛，荣赫鹏的这一诡计，使藏军在战场上处于非常不利的地位。英军的一部还偷偷包抄到藏军后面山上，架起机枪。在做好准备后，麦克唐纳命令英军强行解除藏军武装，挑起冲突。当英军抢夺莱丁色代本的枪械时，他奋起还击，击毙一名英军。麦克唐纳立即下令英军开火，以机枪向藏军密集扫射。藏军的火绳枪来不及点燃火绳，纷纷倒在英军的枪弹下，使得所谓的“战斗”，实际上成为了一场血腥的大屠杀，藏军莱丁色代本、郎色林代本等１４００多人牺牲，而英军仅有两名军军官受伤，１３名士兵伤亡。
４月英军在康马附近的萨马达河谷击败藏军的阻击后，攻占了江孜宗。荣赫鹏认为胜利已经在望，只等英国政府批准他的直接打到拉萨迫使西藏军民屈服的计划，于是只留下部分英军驻在年楚河边的江洛林卡，其余英军护送麦克唐纳返回亚东，调动增援部队，以发动更大的幸事行动。这时新任的驻藏大臣有泰不但不到江孜去阻止英军，反而在给荣赫鹏复信时说，自己对西藏军民“开导之无方”，要等西藏军民彻底失败后再与英方会谈。在前期作战失利和驻藏大臣多方阻挠的情况下，西藏军民抗英的意志仍然坚定不移，除了一再‘精大皇帝谕调汉兵、资助军饷”外，各地民兵仍斗志高昂地开赴江孜参战。到５月初，藏军已有一万多人布防在日喀则、江孜到浪卡子一线。５月３日，荣赫鹏再次分兵，他自己带部分英军留驻江洛林卡，另一部分在布兰德中校指挥下进攻噶热拉，击败当地的藏军并向浪卡子方向追击。就在这时，藏军主力从其他路径进到江孜，收复了江孜宗宗山城堡、白居寺、曲隆寺等重要据点，并以１０００多人在黎明前直插江洛林卡，当英军听到藏军的冲锋呐喊从酣睡中惊醒时，看到手持大刀长矛的藏军已经冲到面前，吓得魂飞魄散，莱赫鹏也在极度惊恐中顾不得组织抵抗，仓皇南逃到曲比颇章。他自己事后也承认，如果不是藏军按照习惯在冲锋前大声呐喊，使英军惊醒，得到了一点准备的时间，他们全都会被藏军一举消灭。布兰德中校急忙带兵赶回江孜，才使英军稍稍稳住阵脚。在奇袭英军取得胜利后，西藏军民一面包围英军的驻地，一面夜以继日赶修工事，把宗山和白居寺连接成一个整体，决心在这里和英国侵略军血战到底。５月２４日，英军在得到增援后，攻打藏军据守的帕拉村，藏军打死了英军的加斯丁大尉，杀伤另外两名大尉，英军在付出相当大的代价后才攻下了帕拉村。荣赫鹏看到江孜英军的处境仍然非常危险，在６月５日带了几十个骑兵突围去亚东搬兵，路上在康马遇到藏军伏击，荣赫鹏又差一点丧命。６月下旬荣赫鹏和麦克唐纳指挥大队人马从亚东开往江孜，这时藏军一部集结在乃宁寺，威胁着英军的交通线，英军即对乃宁寺展开猛攻，藏军和僧众凭借乃宁寺高大的围墙和殿堂顽强抵抗。英军用大炮轰开围墙，炸毁大部分殿堂，然后蜂拥入寺，藏军和僧众仍坚守不退，和英军展开肉搏战，其中一支来自工布地区的民兵，用大刀长矛给英军重大杀伤，藏军和僧众也大部壮烈牺牲。最后英军以伤亡２００多人的代价攻占了乃宁寺，他们不仅将宗喀巴大师和一世、二世达赖喇嘛曾经在此学习修行过的乃宁寺洗劫一空，还将不愿投降的西藏僧俗绑在经幡旗杆上枪杀。至今乃宁寺的断垣残壁上还有许多英军枪炮打下的弹洞。接着英军又进攻江孜西南与白居寺隔河相望的另一个著名古寺紫金寺（宗喀巴大师曾在这里学习和著书立说），切断江孜和日喀则的交通。藏军和僧众８００多人在山上坚守，英军用大炮将山上的殿堂炸毁，经过一天的激战，攻下了紫金寺。
７月１日，西藏地方政府派来的宇妥噶伦、仲译钦波和三大寺代表等在江孜会见荣赫鹏，要求英军退兵谈判，荣赫鹏又以西藏代表无适当证明书为借口拒绝，并要藏军在７月５日正午前撤出江孜宗山。莱赫鹏的无理要求当然被西藏军民拒绝。于是英军在７月５日下午对宗山发起全面进攻，经过激战于当天占领宗山下面的街道。接着英军猛烈炮轰宗山城堡，然后以步兵冲锋，藏军以火绳枪和石头向敌人还击，直到与敌人展开肉搏战。藏军多次打退了英军的进攻，还在夜间派人下山袭击敌人的营地，使英军惊惶不安。英军对宗山围攻了几天，仍然不能攻上山，只能靠密集的炮火来对付山上的守军。最后由于城堡中的火药库被炮弹击中爆炸，藏军弹尽粮绝，山上又没有饮水，藏军不得不撤退到白居寺，英军又攻打白居寺，给白居寺也造成重大破坏。从５月到７月的江孜保卫战，西藏军民虽然失败了，但是他们在战斗中的英勇无畏和顽强不屈的精神，反抗英帝国主义侵略的坚强的决心，在西藏历史上写下了光辉的一页，永远受到人民怀念和尊敬。
江孜战役以后，７月１４日英军又向拉萨进发。这时西藏抗英斗争的形势发生了变化，有领导有组织的武装抵抗已接近尾声，西藏地方政府中的妥协投降派的势力抬头，噶厦政府在他们的压力下，向西藏军民发出了停止抵抗的命令，并派出噶伦等僧俗官员为谈判代表，要求与英军在途中谈判，劝阻英军不要进入拉萨。但是这时的莱赫鹏，完全撕下他是来与驻藏大臣和西藏的代表谈判通商和边界问题的“和平使节”的伪装，根本不理睬西藏方面发出的和谈的呼吁，一心要打到拉萨。７月３１日，英军在曲水渡过雅鲁藏布江，在这紧急关头，十三世达赖喇嘛带领少数随从逃离拉萨，翻越唐古拉山，经柴达木盆地和安西，前往外蒙古。达赖喇嘛行前任命甘丹赤巴洛桑坚赞为代理摄政，由噶伦和三大寺代表等辅助，办理政务。８月３日，英军占领了拉萨。清朝在十三世达赖喇嘛离开拉萨后，按照驻藏大臣有泰的奏请，宣布将达赖喇嘛的名号“暂行革去”。
在英军打进拉萨的问题上，荣赫鹏、英印总督寇松等人和英国政府之间存在着一些分歧。寇松最早提出改变西藏是中国的一部分的地位、把西藏变为英国控制下的中英和英俄之间的“缓冲国”的计划，实际上是要使西藏成为英印北上的英国前进基地，宣称“一旦我们得以进入西藏，并获得使俄国的势力陷于困境的影响，我们就能扭转给印度带来危险的政治局面，就能使我们处于一个可以利用难队跨越的羌塘高原作为我们和俄国未来可能的疆界之间的壁障的地位，就可能阻止俄、法势力穿越亚洲结合的可能性。而另一方面，我们将处于一个支持我们进取四川和连接我们（在中国的）东西方势力的地位。”出于这种保证英国在印度的殖民统治、与俄国争霸、进一步侵略中国的目的，寇松和莱赫鹏主张采取一切可能的卑鄙手段对中国的西藏地方发动武装侵略。而英国政府在欧洲正面对德国的威胁，需要争取俄国加入反德的同盟，又考虑与沙皇俄国在亚洲划分势力范围的关系，顾忌俄国和法国的反对，同时顾虑西藏人民的抵抗会使英军在西藏高原难以脱身，因此一开始对寇松和荣赫鹏的计划并不积极支持。寇松和荣赫鹏玩弄阴谋，一开始只要求英国内阁同意派兵到边境压迫西藏地方与之谈判，然后破坏谈判，要求英国政府批准他们打到江孜进行谈判，打到江孜后又趁俄国和日本在中国东北发生战争俄国眼看就要失败的时机，促使英国政府同意他们打到拉萨。英国政府批准了进军到拉萨的计划，但是仍然认为这是极其冒险的行动，西藏人民并未屈服，大雪封山截断交通线，英军在拉萨就有被困死的可能，因此规定英军必须在９月内退回。当然，在亚洲进行侵略扩张这一总的方针上，英国内阁和寇松、荣赫鹏等人是一致的，他们的分歧只是具体做法上的分歧，因此寇松和荣赫鹏的计划总是能够得到英国内阁的“不那么情愿的”的批准。
荣赫鹏带兵到拉萨后，确实是处在险境之中。拉萨东面仍有数千藏军活动，拉萨近郊的色拉寺、哲蚌寺的僧众还有武装，拉萨市民不卖粮食和货物给英军，甚至有僧人只身闯入英军驻地，刺杀英军军官。达赖喇嘛出走，又使莱赫鹏没有了谈判的对手，于是荣赫鹏只好去找驻藏大臣有泰，经过有泰的配合和尼泊尔在拉萨的代表的活动，才能够和以代理摄政洛桑坚赞为首的西藏地方政府的代表进行谈判。１９０４年９月７日，荣赫鹏和洛桑坚赞等人在布达拉宫签署了一份荣赫鹏事先炮制好的共有十条的《拉萨条约》，其主要内容是：一、除了已开的亚东商埠外，增开江孜、噶大克为商埠，英国在这两地享有同样特权。二、分期付给英国军事赔款五十万英镑（后来新任英印总督俺土尔将赔款减为１７万英镑，合２５０万印度卢比）。三、边界至江孜、拉萨通道上的炮台要塞一律削平。四、西藏答应，非经英国政府同意，不得将土地让卖租借于其他国家，西藏事务不得让其他国家干预，铁路、道路、电线、矿产等项权利不许其他国家享受。在签订《拉萨条约》的过程中，驻藏大臣有泰执行清朝政府对外屈膝投降的方针，昏庸误国，帮助莱赫鹏压服西藏官员签约。荣赫鹏本来要求有泰也在条约上签字，有泰也准备答应，被手下官员劝阻而没有签字，他只是和荣赫鹏交换了一个照会，双方说明条约中所说的非经英国同意不得在西藏享有权利的“任何外国”，不包括中国在内，中国商民仍可以到江孜、亚东、噶大克商埠经商贸易。清朝外务部在看到《拉萨条约》的草约后，也立即指示有泰不得画押，并向英方声明，所有条款应由清朝和英国商议后，才能审核，还决定西藏答应的赔款，由清朝政府支付。俄国和法国也对《拉萨条约》提出反对意见。
西藏是中国领土的一部分，有关西藏的国际条约，不经过当时中国的中央政府清朝的同意和签署，自然是不合祛和无效的。莱赫鹏在英军于９月２３日撤出拉萨时，还企图引诱有泰和英军一起到亚东去，在那里当面画押，有泰因为已接到清朝的指示，没有同意。１９０４年底英国内阁更迭，新内阁迫切需要争取俄国一起反对德国，也只得同意和清朝商议修改。１９０５年１月，清朝派外务部右侍郎唐绍仪、参赞张荫棠等，在印度的加尔各答和英方专使费夏利等谈判改约。寇松虽然不当英印总督，仍在会外策划操纵英方代表，在会上提出中国对西藏只有“宗主权”，并想将此写人条约，自然遭到清朝代表的坚决反对，谈判陷入僵局。英国还开始采用另一个更为阴险狡猾的政策，力图利用西藏地方统治集团和清朝的一些矛盾，在西藏上层集团内部收买和培植代理人。它在这时利用其皇太子访印的机会，用威胁利诱的办法，邀请九世班禅到印度会见皇太子，企图拉拢班禅代替出走的达赖喇嘛，与英方合作。由于张荫棠等官员在印度对九世班禅争取教育，当英方要九世班禅向英国皇太子跪拜时，九世班禅向英方申明“我只在（清朝）大皇帝前跪拜，其余不行”，使英国的计划没有成功。１９０６年中英在北京重开谈判，并在４月２７日签署《中英续订藏印条约》，其第二款规定“英国国家应允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦应允不准其他外国干涉藏境及其一切政治”。把《拉萨条约》作为附约列于其后。这个《北京条约》虽然没有按中国代表的主张明文写上中国对西藏的主权的字样，但是排除了《拉萨条约》将中国暗列为“外国”的含义，明确英国对西藏来说属于外国，中国担负起不准他国干涉西藏的责任，这表明英国政府在各方的压力下，也不得不在事实上确认中国对西藏的主权，西藏地方的外交事务必须通过中国中央政府。接着，１９０７年８月英国和俄国达成了关于波斯、阿富汗、中国西藏的三个协议。按照协议，英俄在保留他们在西藏的“特殊利益”的同时，双方承诺“只通过中国政府同西藏进行交往”，从而把西藏作为一个中国管辖下的英俄势力范围的隔离地带。英国在没有中国参加的情况下，说服俄国将中国对西藏只有“宗主权”的提法写进他们的协议，说明英国对西藏的侵略计划并没有停止，只是变换了一下方式，准备在新的形势下继续推行。
经过英国两次侵略西藏的战争，朝野上下对清朝政府的妥协退让的方针和驻藏大臣在战争中的表现强烈不满，纷纷提出责问，清朝政府也看到了西藏在列强争夺下问题的严重性，为了巩固在西藏的统治，保住西南的屏障，１９０６年４月，清朝派遣张荫棠以驻藏帮办大臣的身份入藏“查办藏事”，他是清代上百个驻藏大臣中惟一的一个汉族出身的人。他到拉萨后，经过调查了解，向清朝政府参劾了驻藏大臣有泰等十几个在藏满汉官员昏庸误国、贪污腐化，在西藏人民抗英斗争中“坐误事机”的罪责。清朝政府下令将有泰等人革职查办。还参奏噶伦平措旺丹勒索百姓，贪赃枉法，平措旺丹也被撤职查办。这使西藏僧俗上下民气大振。西藏各界人民交口称赞张荫棠为西藏清除时弊，严肃法纪，惩办贪官的勇气和行动。张荫棠还根据西藏当时外有强敌侵略，内部民生凋敝的情况，决心实行政治经济改革措施，训练军队，变法图强。１９０７年１月，他向清朝外务部提出治藏大纲二十四款，得到清朝政府的采纳，作为革新西藏政务的基础。他命令噶厦政府设立了交涉、巡警、督练（练兵）、盐茶（种茶、运茶、收盐税）、财政（设银行、铸新币）、工商、路矿（修路、开矿）、学务（开设学校）、农务（开垦土地、改良畜种）等九个局，作为推行新政的常设机构。他编写了《训俗浅言》和《藏俗改良》两本小册子，译成藏文散发各地。他还到大昭寺去对僧俗大众讲解英国对西藏的侵略和推行新政变法图强的重要性。他的这些主张和措施虽然由于清朝的腐败和西藏保守势力的阻挠反对，大部分没有能够实行，有的内容还脱离西藏实际，有一些有消极作用，但是这些主张给西藏人民带来了新的希望，在僧俗大众中留下了深刻的影响，受到西藏人民的赞扬。后来，张荫棠的积极整顿藏政受到继任的驻藏大臣联豫的猜忌，清朝政府也认为他的言行偏激不合时宜，１９０７年５月调他到印度西姆拉去和英国代表商谈江孜开埠的事宜，张荫棠在西藏推行新政的任务改由联豫来执行。联豫首先奏请撤销驻藏帮办大臣，在驻藏大臣之下设左右参赞各一人作为辅助，将权力集中于驻藏大臣。
十三世达赖喇嘛出走到外蒙古，本来是受他身边的布利亚特蒙古僧人德尔智等人的鼓动，想取得俄国的帮助继续抗英。但此时俄国刚被日本打败，无力提供实质的援助，这使十三世达赖喇嘛仍然寄希望于清朝。１９０６年，在清朝的要求下，他从库仑启程返藏，走到青海塔尔寺时，由于清朝在西藏推行新政和在四川藏区实行改土归流，就在塔尔寺暂住。１９０７年１１月，清朝批准达赖喇嘛进京朝觐的要求，他就经兰州、西安，于１９０８年１月到五台山朝礼，等候进京。这时俄国、美国驻北京的使节和日本、德国的外交人员接连到五台山拜会达赖喇嘛，英国驻北京的公使也通过中间人和达赖喇嘛取得了连系。９月底，十三世达赖喇嘛从五台山到北京，慈禧太后和光绪皇帝几次接见和宴请他，赐给金册金印，恢复了他的达赖喇嘛的名号，加封他为“诚顺赞化西天大善自在佛”，但是清朝没有批准达赖喇嘛不经过驻藏大臣直接向皇帝上奏的请求，又使他深感不满。在这期间，英国公使专门拜会了达赖喇嘛，还派了熟悉西藏情况的驻江孜商务专员鄂康诺带着锡金王子到北京，参加英国公使和达赖喇嘛的会见，对达赖喇嘛竭力拉拢，而达赖喇嘛对英国的态度也有了重要的改变，想与英国改善关系。紧接着慈禧太后和光绪皇帝去世，十三世达赖喇嘛即于１９０８年底离京返藏。
清朝在康区实行改土归流并派遣川军人藏，威胁到西藏僧俗上层的政治和经济利益，引起清朝和达赖喇嘛为首的西藏部分僧俗上层的矛盾，这促使十三世达赖喇嘛从坚决抗英转变到依靠英国的支持来保住自己的统治权力和利益。还在返藏的途中，他就命令伦钦夏扎班觉多吉调集藏军和民兵阻击川军进藏，并请英国公使出面压迫清朝停止川军人藏。１９０９年１１月，十三世达赖喇嘛回到拉萨，首先正式任命亲英派贵族夏扎班觉多吉等三人为伦钦，执掌大权。１９１０年２月，由钟颖率领的川军到达拉萨，随即与藏军发生零星冲突，这使本来就与驻藏大臣联豫关系紧张的十三世达赖喇嘛坐卧不安，立即命令策墨林活佛为摄政，留守拉萨，自己带领伦钦夏扎等少数官员逃走。联豫派兵追赶，在曲水遭藏军阻击，没有追上。２月底，十三世达赖喇嘛经亚东到达印度大吉岭。清朝根据驻藏大臣联豫的奏请，再次革去十三世达赖喇嘛的名号，而英国则对他热情接待，安排他游览印度各地，在大吉岭为他提供住房和生活用品。让达赖喇嘛在大吉岭设立噶厦，和拉萨的西藏地方政府官员保持联系，遥控西藏的事态发展。英国虽然表面上宣称不干涉西藏事务，保持中立，实际上却加紧利用十三世达赖喇嘛逃到印度的形势，为进一步侵略西藏做准备。